슈뢰딩거

곡괭이값만 받은 신약발굴 SW, 적정주가

슈뢰딩거(Schrödinger·SDGR) 주식, 뭐하는 회사인가? 물리학(FEP+)으로 신약을 설계하는 소프트웨어를 Top20 제약사 전원에 파는 곡괭이 장수이자 신약 파이프라인을 굴리는 채굴자

마지막 업데이트: 2026-07-04
슈뢰딩거는 신약을 캐는 곡괭이를 팝니다.
그리고 그 곡괭이로 직접 금도 캡니다.
소프트웨어 매출총이익률
74%
순수 SaaS급 고마진. 그런데 회사 전체는 적자다
글로벌 Top20 제약사
20 / 20
곡괭이 시장을 사실상 장악했다
시장이 매긴 기업가치
≈ 곡괭이값 하나
채굴(파이프라인)엔 값이 거의 안 매겨진 듯 보인다

좋은 회사인데 주가는 상장 6년 만에 다시 공모가 아래로 돌아왔습니다.
갈리는 건 하나, 이 회사를 소프트웨어로 볼지 바이오텍으로 볼지입니다.

5장에서 적정가가 어떻게 나오는지 확인해보세요

슈뢰딩거는 뭐 하는 회사야?

슈뢰딩거(Schrödinger·SDGR)는 두 얼굴을 가진 회사입니다. 하나는 곡괭이 장수입니다. 물리학(자유에너지 섭동, FEP+)으로 분자가 단백질에 얼마나 세게 붙는지를 예측해, 신약과 소재를 설계하는 소프트웨어를 제약사에 구독 라이선스로 팝니다. 다른 하나는 채굴자입니다. 그 곡괭이를 직접 들고 자체·협업 신약을 캐냅니다. 곡괭이가 얼마나 잘 팔리는지는 한 숫자가 압축합니다. 글로벌 상위 20대 제약사의 슈뢰딩거 소프트웨어 침투율이 100%, 즉 스무 곳 전원이 고객입니다.

매출은 성격이 정반대인 두 세그먼트에서 나옵니다. 소프트웨어는 FY2025 $200M로, 구독 기반이라 예측 가능하게 자랍니다. 신약발굴(Drug Discovery)은 FY2025 $56M로, 협업 마일스톤·선불금·로열티가 잡히는 시점에 따라 반 토막에서 두 배를 오갑니다. 안정적인 곡괭이 매출이 본체이고, 채굴 매출은 해마다 널뜁니다.

슈뢰딩거는 신약이라는 금을 직접 캐는 회사이면서, 동시에 신약을 캐는 곡괭이를 파는 회사입니다. 그래서 이 회사의 값은 하나의 질문에 달려 있습니다. 시장이 이 회사를 안정적인 소프트웨어로 보느냐, 변동성 큰 바이오텍으로 보느냐. 정체성이 갈리면 밸류에이션의 분모가 갈리고, 분모가 갈리면 값이 갈립니다.
항목
시가총액 (2026-07-04)$1.3B
기업가치 (EV)$969M
FY2025 총매출$256M
순현금 (Q1 2026)$292M
배당없음 (무배당)

슈뢰딩거 규모 스냅샷. 시가총액·기업가치는 2026-07-04 기준이며 매일 바뀝니다. 출처: FY2025 10-K·실적 발표·StockAnalysis.

한 가지 긴장을 먼저 짚고 갑니다. 슈뢰딩거는 2020년 2월 나스닥에 상장했고, 그때 공모가는 $17.00였습니다. 상장 직후 주가는 한때 공모가를 크게 웃돌았지만, 상장 6년이 지난 지금은 다시 공모가 아래($16.88)로 내려와 있습니다. 사업은 좋아 보이는데 주가는 출발점으로 되돌아온 셈입니다. 이 간극의 뿌리에는 앞서 말한 정체성 질문이 있습니다. 소프트웨어냐 바이오텍이냐에 따라 이 회사에 매길 배수, 곧 분모가 통째로 바뀌기 때문입니다. 이 글은 그 분모를 다섯 챕터에 걸쳐 하나씩 뜯어봅니다. 곡괭이의 해자(1장)부터 재무(2장), 채굴 사업(3장), 월가의 시선(4장), 그리고 조각을 나눠 값을 매기는 밸류에이션(5장)까지입니다.

1. 물리학이 만든 입장권, 워크플로우가 만든 체류비용

금을 캐지 않고, 곡괭이를 판다

골드러시에서 가장 안정적으로 돈을 번 사람은 금을 캔 광부가 아니라 곡괭이와 청바지를 판 상인이었습니다. 슈뢰딩거의 소프트웨어 사업이 정확히 그 자리에 있습니다. 어떤 신약이 성공하든, 그 신약을 설계하는 과정에 이 회사의 도구가 쓰입니다. 금값(신약의 성패)이 오르내려도 곡괭이 장수는 곡괭이를 팝니다.

그래서 이 회사를 볼 때는 먼저 두 개의 얼굴을 나눠야 합니다. 하나는 소프트웨어입니다. 제약사에 분자 시뮬레이션 도구를 구독 라이선스로 파는, 곡괭이 판매업입니다. 다른 하나는 신약 파이프라인입니다. 슈뢰딩거가 직접 금을 캐는, 자체 신약 개발입니다. 이 장은 오직 곡괭이, 즉 소프트웨어의 해자만 다룹니다. 파이프라인의 가치와 재무 실체, 그리고 이 해자가 얼마짜리인지의 계산은 각각 별도의 장이 맡습니다.

🔨 곡괭이 판매 (이 장의 주제)

분자 시뮬레이션 소프트웨어 구독 라이선스

핵심 도구 FEP+ · Glide · Maestro

상위 20대 제약사 전원이 고객

이 장이 다루는 유일한 대상 = 해자의 실체

⛏️ 금 캐기 (다른 장의 주제)

자체·협업 신약 파이프라인 (직접 개발)

마일스톤·로열티·지분 실현

재무 실체는 재무 장에서

파이프라인 가치는 파이프라인 옵션 장에서

이 곡괭이가 얼마나 잘 팔리는지는 한 숫자가 압축해 보여줍니다. 글로벌 상위 20대 제약사가 100% 슈뢰딩거의 고객입니다. 한두 곳이 아니라 스무 곳 전부입니다. 이 사실은 "이 도구를 안 쓰면 경쟁에서 뒤처진다"는 업계의 조용한 합의를 보여줍니다.

슈뢰딩거는 신약이라는 금을 직접 캐는 회사가 아니라, 신약을 캐는 곡괭이를 파는 회사입니다. 그리고 세계에서 가장 큰 광부 스무 명이 전부 이 곡괭이를 씁니다.

그런데 곡괭이 장사에는 피할 수 없는 근본 질문이 하나 있습니다. 더 좋은 곡괭이가 나오면 광부들은 갈아타지 않는가. 이 장 전체가 그 질문에 답합니다. 결론을 미리 말하면, 슈뢰딩거의 방어벽은 곡괭이의 품질(정밀도) 하나가 아닙니다. 광부가 그 곡괭이에 맞춰 파놓은 갱도(워크플로우)까지 더해진 이중 구조입니다. 정밀도가 문을 여는 입장권이고, 갱도가 그들을 붙잡는 체류비용입니다.

슈뢰딩거의 소프트웨어는 골드러시의 곡괭이 장수 자리에 있습니다. 상위 20대 제약사 전원이 고객이라는 사실이 그 지배력의 출발점이고, 방어벽이 정밀도와 워크플로우의 이중이라는 것이 이 장의 답입니다.

곡괭이의 품질: FEP+는 물리학으로 무엇을 하는가

FEP+가 특별한 이유는 똑똑해서가 아니라 다르게 일반화하기 때문입니다. 친화도를 학습한 머신러닝과 달리 FEP+는 물리 힘장에 기대기 때문에, 학습 분포에 묶이지 않고 대체로 더 넓은 화학공간으로 일반화합니다. 학습 데이터가 없는 진짜 새로운 분자에서의 취약성을 없애지는 못해도 줄입니다. 그리고 신약은 정의상 바로 그런 분자입니다.

데이터를 학습하지 않는다: 1차원리라는 분기점

딥러닝은 비슷한 걸 많이 봤으니 이럴 것이라고 추측하고, FEP+는 물리 법칙상 이렇게 될 수밖에 없다고 계산합니다. 이 차이가 FEP+ 일반화의 성격을 가릅니다.

FEP+(Free Energy Perturbation, 자유에너지 섭동)는 약물 후보 분자 A를 B로 컴퓨터 안에서 서서히 변형시키며, 각 단계의 자유에너지 변화를 분자동역학 시뮬레이션으로 적분해 두 분자의 결합력 차이(ΔΔG)를 냅니다. 핵심은 입력입니다. FEP+의 입력은 물리 힘장(force field, 슈뢰딩거의 독점 OPLS 파라미터)과 단백질 결정구조뿐입니다. 실험 결합 데이터를 학습하지 않습니다. 정전기, 반데르발스 힘, 용매화, 엔트로피 같은 물리 법칙만으로 답을 냅니다.

데이터 기반 딥러닝과의 근본 분기점이 여기 있습니다. 딥러닝은 친화도 학습 분포 안에서 강하고 그 밖에서 무너집니다. FEP+의 힘장은 친화도가 아니라 양자역학(QM)과 물리 실험에 맞춰 조정돼 있어, 친화도 분포에 묶이지 않고 다른(대체로 더 넓은) 화학공간으로 일반화합니다. 다만 이 일반화도 무한하지 않습니다. 힘장이 제대로 파라미터화하지 못한 화학종(특수 금속, 비정형 작용기처럼 커버리지 밖에 있는 것)에서는 FEP+도 무너집니다.

학습형 (데이터 기반 ML)
비슷한 걸 많이 봤으니 이럴 것
학습 분포 안에서 강하고, 새 골격·새 타깃(분포 밖)에서 크게 무너진다. 그런데 신약이 사는 곳이 바로 분포 밖이다.
분포 안
친화도 학습 데이터가 있는 영역
물리형 (FEP+ · 1차원리)
물리 법칙상 이렇게 될 수밖에
친화도 데이터를 학습하지 않아 분포 밖 취약성을 줄인다. 단 힘장 커버리지 밖 화학종에서는 물리형도 무너진다.
힘장 커버리지
OPLS 힘장이 커버하는 화학공간

왜 이것이 신약에서 중요한가. 신약은 정의상 지금까지 없던 분자입니다. 친화도 학습 데이터가 희박한 영역이 곧 신약이 사는 곳입니다. 물리 기반은 이 영역에서 머신러닝의 분포 밖 취약성을 없애지는 못해도 줄여줍니다. 그리고 바로 이 지점에서 진짜 자산이 드러납니다. FEP+가 넓게 일반화하는 범위는 곧 OPLS 힘장이 커버하는 화학공간의 넓이이고, 이 커버리지는 슈뢰딩거가 수십 년간 QM 계산과 실험으로 벼려 넓혀온 독점 자산입니다. 즉 해자의 뿌리는 물리라서 무조건 강하다가 아니라, 남이 쉽게 복제하지 못하는 힘장 커버리지를 계속 자본집약적으로 넓힌다는 데 있습니다(뒤에서 볼 방어선 첫째와 연결됩니다).

FEP+가 워크플로우 안에서 어디에 위치하는지도 중요합니다. 슈뢰딩거는 빠른 곡괭이와 정밀한 곡괭이를 한 손잡이에 붙여 팝니다.

신약 설계 워크플로우 속 FEP+의 자리 = 정밀 필터
Glide수억~수십억 라이브러리 고속 도킹 (빠른 곡괭이)
FEP+선별된 소수 후보의 정밀 결합력 계산 (정밀 필터)
QikProp약물성(ADME) 예측

FEP+ 1.25 대 실험 천장 0.91: 이 숫자의 화학적 의미

FEP+의 오차는 물리학의 측정 한계에 0.34까지 다가섰습니다. 그런데 이것은 양날입니다. 천장이 낮게 걸려 있다는 건 슈뢰딩거가 정밀도로 더 달아날 여지도, 후발 주자가 따라잡을 거리도 그만큼 짧다는 뜻입니다. 그래서 정밀도 그 자체는 해자가 아니라, 이 정도는 돼야 명함을 내미는 입장권(table-stakes)에 가깝습니다.

공개 동료심사 벤치마크(Nature Communications Chemistry 2023, 1,237개 리간드와 13개 독립 데이터셋)에서 FEP+의 예측 오차는 Pairwise RMSE 1.3 kcal/mol입니다. 낮을수록 정확합니다. 단 이 값은 정답(결정구조와 활성)이 이미 확보된 데이터셋에 사후 측정한 후향(retrospective) 벤치값이라는 점을 분명히 해야 합니다. 실제 신약 프로젝트의 전향(prospective) 적용에서는 결정구조 품질과 힘장 커버리지 한계 때문에 오차가 이 벤치값보다 커지는 것이 일반적입니다.

비교 기준선이 결정적입니다. 실험 자체의 재현성, 즉 같은 물질을 다른 실험실에서 재면 생기는 편차가 RMSE 0.9 kcal/mol입니다. 이것이 물리적 천장입니다. 실측이 이만큼 흔들리므로, 어떤 계산법도 이보다 정확함을 증명할 방법이 없습니다(측정 자체가 불가능하기 때문입니다).

예측 오차 RMSE (kcal/mol) · 왼쪽일수록 정확0 · 완벽부정확 방향측정으로 넘을 수 없는 영역실험 재현성 천장 0.91FEP+ 1.250.34달아날 여지 = 따라잡을 거리 = 정밀도는 입장권(table-stakes)

개념적 시각화. RMSE 값은 공개 벤치마크(Nature Communications Chemistry 2023) 기준이며, 축 위치는 두 값의 상대 관계를 나타냅니다.

FEP+의 1.3은 이 천장에 0.34 kcal/mol까지 근접해 있습니다. 개선 여지가 이미 좁다는 뜻입니다. 화학적으로 풀면, FEP+는 10배 개선 후보와 100배 개선 후보는 또렷이 구분하지만 2~3배의 미세한 차이는 노이즈 안에 묻힙니다. 그 정도면 리드 최적화에서 합성 우선순위를 통계적으로 옳게 매기기에 충분하고, 실제 가치는 여기서 나옵니다(헛된 합성과 실험 횟수를 줄여줍니다).

정통 반론을 미리 받겠습니다. FEP는 근사이고 완벽하지 않다는 지적은 옳습니다. 그러나 논점은 완벽함이 아니라 천장까지의 거리입니다. 논문 저자들조차 대규모 데이터셋에서 FEP가 실험 오차와 구별 불가한 수준에 도달하기는 극도로 어렵다고 적었습니다. 즉 우리가 주장하는 것은 FEP+가 완벽하다가 아니라, 천장이 낮게 걸려 있어 그 아래에서의 개선 경쟁은 수확체감이라는 것입니다. 다만 이 프레임의 함의는 흔한 오해와 반대입니다. 낮은 천장은 AI가 위로 못 올라오니 슈뢰딩거가 안전하다가 아니라, 누구든 천장까지만 오면 정밀도로는 대등해진다는 뜻입니다. 그래서 아래에서 볼 방어의 무게중심은 정밀도 숫자가 아니라 힘장 커버리지 폭, 통합 락인, 원가와 지연 쪽으로 옮겨갑니다.

FEP+의 강점은 똑똑함이 아니라 다르게 일반화하는 데 있습니다. 물리 기반이라 신약이 사는 분포 밖에서 상대적으로 덜 무너지고, 정밀도는 실험 천장(0.91)에 0.34까지 근접했습니다. 그러나 낮은 천장은 곧 정밀도가 입장권일 뿐 방어의 무게중심이 아니라는 신호이기도 합니다.

왜 안 바뀌는가: 입장권과 체류비용의 이중 해자

정밀도는 문을 여는 입장권이지 붙잡는 힘이 아닙니다. 상위 20대 제약사를 붙잡는 진짜 힘은 계산화학팀이 몇 년에 걸쳐 쌓은 프로토콜, 스크립트, 검증이력이라는 체류비용입니다. 이 둘은 어느 하나만으로는 성립하지 않습니다.

기술이 문을 열고, 워크플로우가 붙잡는다

획득(상위 20대 침투)은 기술이 만들고, 유지(높은 갱신율)는 워크플로우가 만듭니다. 같은 해자처럼 보이지만 동력이 다릅니다. 슈뢰딩거의 지배력을 대리하는 세 지표를 무엇이 그것을 만드는가로 분해하면 해자의 구조가 드러납니다.

지배력 대리지표무엇이 만드는가
Top20 제약사 침투 (획득)100%정밀도 = 입장권. 검증된 최고 수준의 공개 벤치마크가 없었다면 애초에 도입 자체가 안 됐다.
유지율 GDR (유지)96%축적된 워크플로우 = 체류비용. 이 곡괭이가 여전히 가장 정밀해서가 아니라, 갱도를 다 파놓아서 안 떠난다.
순유지율 NDR (확장)100%확장은 균형선. 20대를 다 먹어 신규 좌석 판매 여지가 줄었다(아래에서 상술).

획득은 정밀도가, 유지는 워크플로우가 만든다. 두 동력이 겹쳐야 이중 해자가 성립한다.

출처: FY2025 실적 발표

핵심은 어느 한쪽만으로는 성립하지 않는다는 것입니다. 순수 정밀도만이라면 오픈소스가 알고리즘을 복제하는 순간 유지율이 무너져야 하는데, GDR 96%가 버팁니다(워크플로우가 방어한다는 뜻입니다). 순수 워크플로우만이라면 20대 제약사 전원 침투가 애초에 불가능했습니다(정밀도가 획득했다는 뜻입니다). 그래서 이중 해자입니다.

다만 두 다리의 두께는 다르다는 점을 정직하게 인정해야 합니다. 획득을 만든 정밀도는 공개 벤치로 정량 검증되지만(그마저 앞서 봤듯 입장권 수준입니다), 유지를 만드는 통합 전환비용은 아직 정성 증거(업계 관행, 규제 검증 부담)에 기댑니다. 그래서 두 번째 다리는 정밀도와 대등한 두꺼운 독립 해자가 아니라, 입장권에 얹힌 실재하지만 얇은 통합 전환비용으로 보는 것이 정확합니다.

체류비용의 실체: 계산화학팀이 파놓은 갱도

소프트웨어를 바꾼다는 건 라이선스를 갈아끼우는 일이 아닙니다. 팀 전체를 재교육하고, 몇 년치 스크립트를 다시 짜고, 검증을 처음부터 다시 하는 일입니다. 그래서 안 바꿉니다.

고객사의 계산화학자 팀은 Maestro(통합 UI)와 LiveDesign(협업·데이터 플랫폼) 위에 세 가지를 축적합니다. 사내 프로토콜(어떤 타깃에 어떤 설정을 쓰는가), 자체 스크립트(파이프라인 자동화), 그리고 검증이력(과거 프로젝트에서 이 도구가 맞혔다는 기록)입니다. 소프트웨어를 교체하려면 이 셋을 전부 다시 만들어야 합니다.

곡괭이를 바꾸면 다시 파야 하는 갱도
재교육: 계산화학팀 전원이 새 도구의 UI·스크립트 문법·기본값을 다시 익혀야 한다
스크립트 재작성: 몇 년치 파이프라인 자동화 스크립트를 새 도구 위에서 처음부터 다시 짠다
검증 재수행: 규제 산업이라 과거 검증을 새 도구로 통째로 재현해야 한다 (가장 무겁다)
규제 문서 갱신: 이 도구로 검증했다고 이미 적어둔 규제 파일링을 갈아엎는 것은 비용이 아니라 리스크다

교체 비용은 재교육에 스크립트 재작성, 검증 재수행을 더한 값입니다. 규제 산업인 신약에서는 검증 재수행이 특히 무겁습니다. 이미 규제 문서에 이 도구로 검증했다고 적어놓은 파이프라인을 갈아엎는 것은 단순 비용이 아니라 리스크입니다.

여기서 자연스러운 반박이 나옵니다. 그럼 오픈소스(OpenFE, OpenMM)로 갈아타면 공짜 아닌가. 그러나 산업 R&D가 요구하는 것은 무료 알고리즘이 아니라 검증되고 지원되는 프로세스입니다. 학계 오픈소스는 개념검증(PoC) 수준에서 쓰이지만, 산업 직접 채택에는 검증과 규제 요건, 전담 지원 부재, 복잡한 통합이라는 장벽이 걸립니다. 업계 서술 그대로, 학술 소프트웨어가 산업 전문가의 일상 채택으로 직접 넘어가는 일은 드물고 산업은 견고하고 철저히 검증된 프로세스를 요구합니다. 즉 갱도를 다시 파는 비용이 곡괭이 값보다 큽니다.

여기서 한 가지 단서를 답니다. 이 전환비용의 크기를 슈뢰딩거 고유 수치(고객당 축적 스크립트 수, 규제 재제출 지연 일수 등)로 뒷받침할 공시 지표는 없습니다. 근거가 업계 관행과 규제 관성이라는 정성 서술에 머문다는 뜻입니다. 그래서 이 체류비용은 실재하되, 정밀도 입장권과 대등한 두 번째 독립 해자로 과대평가하지 않는 편이 안전합니다. GDR가 96%라는 높은 수준을 유지하는 것은 이 비용의 존재를 방증하지만 그 두께까지 증명하지는 못합니다(전년 GDR 미공시라 불변까지는 단정하지 않습니다).

NDR이 말하는 것: 확장은 둔화, 락인은 견고

순확장율(NDR)이 순확장에서 순유지 균형선으로 내려온 것은 락인이 약해진 게 아니라, 20대 제약사를 다 먹어서 더 팔 신규 좌석이 줄었다는 신호입니다. 유지력(GDR)은 그대로입니다.

지표FY2024FY2025FY2026E (가이던스)
총 ACV (연간계약가치)$191M$199M$223M
ACV YoY 성장순확장 국면4%회사 목표 두 자릿수 복귀
순유지율 NDR113%100%균형선
유지율 GDR미공시96%견고

확장은 둔화(NDR 113 → 100), 유지는 견고(GDR 96). FY2026E ACV 가이던스 범위는 하단부터 상단까지.

출처: FY2025 실적 발표

이 둔화를 두고 두 해석이 경쟁합니다. 낙관 해석은 락인은 견고한데 팔 신규 좌석이 줄었다는 것입니다. 유지율 GDR가 96%라는 높은 수준을 유지하는 것이 이쪽 방증입니다(단 전년 GDR은 미공시라 전년 대비 불변까지는 단정하지 않습니다. 둔화를 정량으로 말할 수 있는 지표는 노드가 있는 NDR 113%에서 100%로의 하락뿐입니다). 이 해석의 원인은 상위 20대 제약사를 이미 전원 확보해 신규 좌석 판매 여지가 줄었고, 거시 R&D 예산 압박이 확장(upsell)을 눌렀다는 것입니다.

그러나 낙관으로 착지하기 전에 살아있는 반대 해석을 병기해야 합니다. NDR이 균형선까지 내려온 것이 계정 안에서 슈뢰딩거의 지갑점유율이 잠식당하는 신호일 수 있습니다. 고객의 CADD 예산이 늘어도 그 증분을 오픈소스나 머신러닝 경쟁 도구가 가져가면, 슈뢰딩거의 계정당 지출은 제자리에 머뭅니다. GDR이 버틴다고 이 해석을 배제할 수 없습니다. GDR은 고객 이탈만 잡을 뿐 지갑 안에서의 점유율 하락은 잡지 못하기 때문입니다. 두 해석을 가르는 판별 신호는 명확합니다. 계정당 컴퓨트와 좌석 사용량이 고객의 CADD 예산 증가율만큼 따라 크는가(락인 견고), 아니면 예산은 느는데 슈뢰딩거 지출만 정체하는가(지갑 잠식)입니다.

확장 둔화의 실측은 이렇습니다. 총 연간계약가치(ACV)가 $191M에서 $199M로, 즉 4% 성장에 그쳤습니다. 소프트웨어 매출 자체는 $180M에서 $200M(10.6% 성장)였습니다.

여기서 곡괭이 해자의 핵심 크럭스가 드러납니다. 기술 우위(정밀도)가 자동으로 가격인상력으로 전환되지는 않는다는 것입니다. 문을 여는 힘(입장권)과 지갑을 더 여는 힘(확장)은 다릅니다. 다만 향후 성장 여지는 신규 로고가 아니라 좌석과 모듈 확장, hosted 전환, 신제품(생물의약품용 LiveDesign Biologics)에서 나올 구조입니다. 회사 가이던스도 ACV를 $218M에서 $228M(중간값 $223M)로 제시해 이 방향을 가리킵니다. ACV와 매출의 재무적 함의(마진, 현금 전환)는 재무 장에서 본체로 다루며, 여기서는 락인의 실측 대리지표로만 인용합니다.

획득은 정밀도(입장권)가, 유지는 워크플로우(체류비용)가 만듭니다. NDR이 113에서 100으로 내려온 것은 락인의 약화가 아니라 20대를 다 먹은 완전 침투의 결과일 가능성이 크지만, 지갑점유율 잠식이라는 반대 해석도 살아 있습니다. 판별 신호는 계정당 사용량이 고객 예산만큼 따라 크는가입니다.

AI가 이 곡괭이를 부러뜨리는가

AI 위협은 실재하지만, 지금은 대체재가 아니라 보완재입니다. 구조를 잘 예측하는 것과 결합력을 잘 예측하는 것은 다른 문제이고, 학습 기반은 새로운 분자에서 상대적으로 더 취약합니다. 진짜 위협은 전면 대체가 아니라 특정 타깃군의 국지적 잠식입니다.

구조 예측은 자유에너지 예측이 아니다

AlphaFold3는 분자가 어떻게 생겼는지를 맞히지, 얼마나 세게 붙는지를 계산하지 않습니다. 그래서 현재 업계는 AlphaFold3를 FEP의 대체재가 아니라 입력 도우미로 씁니다.

AlphaFold3는 단백질-리간드 복합체의 구조(posing)를 예측하는 도구이지 자유에너지(ΔG) 예측기가 아닙니다. 정확한 구조 예측이 곧 정확한 결합력 예측은 아닙니다. 자유에너지는 엔트로피, 용매화, 분자 앙상블을 정량 적분해야 나오는데, 구조 스냅샷 한 장으로는 나오지 않습니다.

신약 워크플로우: AI가 강한 구간과 물리가 지키는 구간AI가 이미 강한 구간대규모 스크리닝 · 구조 예측(AlphaFold3)물리가 지키는 구간정밀 결합력(FEP+ 자유에너지 적분)이음매 = 구조가 불확실한 확장 영역여기서 학습형 ML이 물리 FEP와 정면 경쟁한다

개념적 시각화. 워크플로우 단계 구분은 업계 관행 서술 기준입니다.

그래서 실제 업계 방향은 대체가 아니라 하이브리드입니다. AlphaFold3가 예측한 구조를 FEP 계산의 출발점으로 씁니다. 이렇게 하면 결정구조가 없는 타깃에도 FEP를 확대 적용할 수 있습니다. 다만 이 이음매를 순전한 강화 보완재로만 그려서는 안 됩니다. AF 예측 구조는 실험 결정구조보다 부정확하고 FEP는 입력 구조 품질에 민감해서, 예측이 좋은 경우에는 결정구조에 근접한 정확도가 나오지만 포켓 예측이 불확실한 타깃에서는 FEP 정밀도가 그만큼 떨어집니다. 그리고 바로 이 구조가 불확실한 확장 영역이 학습 기반 ML 친화도 모델이 물리 FEP와 정면으로 경쟁하는 지점입니다. 즉 구조 예측 AI는 FEP의 입력 병목(결정구조 필요)을 풀어주는 보완재인 동시에, 그 확장 영역에서 ML 대안에 문을 열어주는 양면성을 가집니다.

AI가 결국 모든 걸 이긴다는 전제는 이 분야에선 층위를 구분해야 성립합니다. 구조 예측 층위에서 AI는 이미 강합니다. 그러나 결합 자유에너지 층위는 물리 적분의 영역이고, 슈뢰딩거의 실제 아키텍처도 물리 대 AI가 아니라 물리 코어에 AI 스크리닝 레이어를 얹는 방향으로 수렴 중입니다(AL-Glide 머신러닝 활성학습, Generative Glide 베타). 혁신가의 전제(AI 우위)를 부정하지 않고, 그 우위가 어느 층위에 적용되는지를 나눕니다.

Isomorphic IsoDDE: 위협의 실체와 취약점

Isomorphic의 FEP를 능가한다는 주장은 아직 제3자 검증 숫자가 없습니다. 그리고 학습 기반의 구조적 약점(새 골격처럼 학습 분포 밖에서의 성능 저하)이 정확히 신약이 사는 곳에 걸려 있습니다.

Isomorphic Labs(구글 딥마인드 분사)의 IsoDDE는 결정구조 불필요와 FEP+ 능가를 주장합니다. 위협 평가를 세 축으로 나눠 봅니다.

평가 축내용판정
ⓐ 검증 공백IsoDDE는 자체 보고 상대비교(FEP+·OpenFE·CASP16 대비 우수)만 공개했고, 제3자 동료심사 절대 오차(kcal/mol)는 공개하지 않았다. FEP+는 Nature Communications Chemistry에 공개 벤치가 있다.정량 검증 불가
ⓑ 구조적 취약점 = 분포 의존학습 기반은 친화도 학습 분포 밖(새 골격·새 타깃 클래스)에서 더 크게 무너진다. 신약은 정의상 새로운 분자라 학습 데이터가 희박하다. 물리 기반 FEP+는 이 영역에서 상대적으로 덜 무너진다(없앰이 아니라 완화).물리형 상대 우위
ⓒ 진짜 위협 벡터Isomorphic이 딥마인드와 대형 제약 파트너의 독점 실험 데이터를 대규모로 확보하면, 특정 타깃군에서는 학습 기반이 FEP를 국지적으로 능가할 수 있다.1순위 감시 대상

자체 보고 상대비교와 공개 동료심사 절대 오차를 같은 저울에 올릴 수 없다. 진짜 위협은 전면 대체가 아니라 데이터 우위에 의한 국지적 역전이다.

출처: Isomorphic Labs 발표, FEP+ 공개 벤치마크

세 번째 축(ⓒ)이 이 해자의 1순위 감시 대상이며, 뒤에서 반증조건 R1로 명시합니다.

오픈소스와 힘장 상품화, 그리고 실제 방어선

FEP 알고리즘 자체는 이미 오픈소스로 풀렸습니다. 슈뢰딩거의 방어선은 알고리즘이 아니라 힘장 정밀도, 산업급 검증, GPU 최적화 세 가지입니다.

FEP 알고리즘의 상품화 압력은 실재합니다(OpenFE 등 오픈소스 FEP). 그러나 슈뢰딩거의 방어선은 FEP라는 알고리즘이 아닙니다. 실제 방어선은 세 겹입니다. 첫째, OPLS 독점 힘장의 커버리지 폭과 품질(앞서 본, 수십 년 자본집약으로 넓혀온 화학공간 자산)입니다. 둘째, 산업급 검증과 지원, 통합 워크플로우(위에서 본 체류비용)입니다. 셋째, GPU 최적화(2024년 Glide 릴리스에서 약 2배 속도 향상, 기본값 전환)로 낮아지는 원가와 지연입니다.

① OPLS힘장 커버리지② 검증·지원·통합③ GPU 최적화(원가·지연)IsoDDE (학습 기반)OpenFE (오픈소스 FEP)오픈 힘장 (OpenFF)

개념적 시각화. 방어선 3겹과 위협 3종의 대응 관계를 나타냅니다.

물리냐 AI냐, 오픈소스냐 상용이냐로 단순화하고 싶은 유혹이 있습니다. 그러나 현실의 방어선은 하나의 축이 아니라 위 세 겹이 겹친 것입니다. 단순 이분법이 놓치는 것이 있습니다. 알고리즘이 공짜여도(OpenFE) 힘장과 검증, 통합이 따라오지 않으면 산업은 안 갈아탑니다. 반대로 상용이어도 알고리즘 우위만으로는 GDR을 못 지킵니다. 해자의 강도는 이 겹침에서 나옵니다.

시간의 방향에 대한 단서를 답니다. 이 방어선은 유지되지만, 시간이 무조건 슈뢰딩거 편은 아닙니다. 오픈소스가 성숙하고 AI 학습 데이터가 쌓일수록 압력은 커집니다. 그래서 이 장의 결론은 안전하다가 아니라, 무엇을 감시해야 하는가입니다(다음에서 반증조건으로 정리합니다).

AI 위협은 실재하되 지금은 보완재입니다. 구조 예측(AI 강세)과 자유에너지 예측(물리 영역)은 다른 층위이고, IsoDDE의 우위 주장은 제3자 검증 숫자가 없습니다. 슈뢰딩거의 방어선은 알고리즘이 아니라 힘장·검증통합·GPU 최적화 세 겹이며, 진짜 위협은 전면 대체가 아니라 데이터 우위에 의한 국지적 역전입니다.

곡괭이 장사의 경제학: 왜 마진이 순수 SaaS보다 낮은가

슈뢰딩거 소프트웨어의 마진이 정상급 SaaS보다 낮은 것은 경영 실패가 아니라 물리학의 값입니다. FEP는 GPU를 몇 시간씩 굴려야 답이 나오는 컴퓨트 집약(compute-intensive) 도구이고, 클라우드 전환이 그 연산 원가를 회사 장부로 옮기고 있습니다.

재사용성: 고마진의 기반

한 번 개발한 FEP+와 힘장은 복제 비용이 0에 수렴합니다. 그래서 소프트웨어는 본질적으로 고마진입니다.

소프트웨어 세그먼트 매출총이익률은 FY2023 81%, FY2024 80%, FY2025 74%로 높습니다. 뿌리는 재사용성입니다. FEP+ 알고리즘과 OPLS 힘장은 한 번 개발하면 라이선스 복제의 한계비용이 0에 수렴합니다. R&D는 고정비이므로 매출이 늘수록 마진이 벌어지는 SaaS의 본질이 작동합니다.

소프트웨어 매출총이익률: 재사용성이 만든 구조적 고마진
81%
80%
74%
FY2023
FY2024
FY2025

출처: 분석 · 실적 발표

컴퓨트 집약: 마진 천장을 낮추는 물리학

순수 SaaS는 답을 밀리초에 내지만, FEP는 리간드 하나에 GPU를 몇 시간씩 씁니다. 이 연산 원가가 마진 천장을 정상급 SaaS 아래로 눌러 놓습니다. 클라우드 전환은 그 원가를 고객 장부에서 회사 장부로 옮깁니다.

슈뢰딩거는 순수 SaaS보다 구조적으로 컴퓨트 집약적입니다. FEP는 리간드 하나당 분자동역학 시뮬레이션을 수시간에서 수일 돌립니다(GPU 집약). AI 추론(밀리초에서 초)과 비교하면 계산 원가가 근본적으로 높습니다.

hosted 전환이 마진을 눌렀습니다. 온프레미스 라이선스 시절엔 이 연산 원가를 고객이 부담했습니다(고객의 GPU). 그래서 마진이 FY2023 81%까지 높았습니다. hosted(클라우드) 전환은 이 GPU 연산 원가를 고객 장부에서 회사 장부로 옮깁니다. 그 인과는 두 궤적을 같은 기간축(FY2024부터 Q1 2026까지)에 겹쳐 볼 때 또렷합니다.

hosted 비중 상승과 소프트웨어 마진 하락 (같은 기간축)
hosted(클라우드) 비중
20%
23%
34%
연산 원가가 고객 장부에서 회사 장부로 이전된다
소프트웨어 매출총이익률
80%
74%
69%
FY2024
FY2025
Q1 2026

겹치는 구간에서 두 선이 나란히 반대 방향으로 움직이는 것이 원가 이전의 직접 증거다. FY2023 고점(81%)은 hosted 전환 이전이라 이 이중축에 넣지 않는다.

출처: FY2025 실적 발표 · Q1 2026 실적 발표

hosted 비중은 FY2024 20%에서 FY2025 23%, Q1 2026 34%로 오르고, 소프트웨어 마진은 같은 구간에서 FY2024 80%에서 FY2025 74%, Q1 2026 69%로 내려옵니다. 단, 그 앞 FY2023 81%은 hosted 전환 이전의 고점이므로, 이 고점을 hosted 비중과 같은 축에 짝지어 읽지는 않습니다(기간축이 다르면 인과가 아니라 착시가 됩니다). 인과는 hosted와 마진이 함께 관측되는 FY2024부터 Q1 2026 구간에서만 성립합니다.

왜 순수 SaaS 천장에 못 닿는가. 생명과학 SaaS 대표 격인 Veeva의 매출총이익률이 75%입니다. 슈뢰딩거 소프트웨어가 이 천장 아래에 재정착하는 갭의 원인은 경영이 아니라 컴퓨트 집약입니다. 밀리초에 답하는 소프트웨어와 GPU를 몇 시간 굴리는 소프트웨어는 원가 구조가 다릅니다.

순수 SaaS 천장과의 갭 = 컴퓨트 집약의 값
75%
74%
69%
Veeva (순수 SaaS 천장)
SDGR SW (FY2025)
SDGR SW (Q1 2026, hosted 전환 저점)

밀리초에 답하는 SaaS와 GPU를 몇 시간 굴리는 물리 시뮬레이션은 원가 구조가 다르다. 갭의 원인은 경영이 아니라 물리학이다.

출처: Veeva 통계(StockAnalysis) · SDGR 실적 발표

상방 레버는 물리 기반의 역설적 강점입니다. 알고리즘 최적화가 곧 원가 개선입니다. 2024년 Glide 릴리스의 약 2배 속도 향상은 계산당 GPU 원가 절반과 같습니다. 물리 기반이라 알고리즘을 벼릴수록 연산 원가가 내려갑니다. 하방은 반대로 더 큰 시스템과 더 많은 리간드 수요가 연산량을 밀어 올리는 것입니다. hosted 전환기의 마진은 이 둘의 경합입니다.

여기까지의 단서(마진이 낮다, 내려간다)가 나쁜 신호로 읽힐 수 있습니다. 정확히 하면, 이것은 곡괭이 품질의 문제가 아니라 곡괭이를 광부 대신 회사가 돌려주기 시작한 데서 오는 원가 이전입니다. 해자(정밀도, 락인)와는 별개 축입니다. 마진의 최종 종합과 정상화, 적정가 함의는 이 장이 아니라 밸류에이션 장의 몫이며, 연결 마진과 현금흐름, 손익 정상화는 재무 장이 본체로 다룹니다.

소프트웨어의 고마진은 재사용성에서 나오지만, FEP의 컴퓨트 집약이 그 천장을 순수 SaaS(Veeva 75%) 아래로 눌러 놓습니다. hosted 전환이 GPU 원가를 회사 장부로 옮기며 FY2024 80%에서 Q1 2026 69%로 마진을 눌렀고, 이는 해자의 훼손이 아니라 원가 이전이라는 별개 축입니다.

이 해자는 언제, 무엇에 의해 부러지는가

결론은 안전하다가 아니라 무엇을 감시하는가입니다. 낮은 물리 천장은 슈뢰딩거를 지켜주는 벽이 아니라 도전자에게도 열린 결승선입니다. 그래서 방어의 무게중심은 처음부터 정밀도 숫자가 아니라 힘장 커버리지 폭, 워크플로우 통합, 원가와 지연에 있습니다.

반증조건: 곡괭이가 부러질 네 가지 시나리오

해자를 무너뜨리는 조건을 미리 못 박아두면, 뉴스가 나올 때 이게 그 신호인가를 즉시 판별할 수 있습니다.

#반증조건관측 신호
R1 (1순위 관문)AI 정확도 역전: IsoDDE(또는 후속)가 제3자 동료심사 벤치에서 FEP+ 수준(1.25 kcal/mol) 이하 오차를 구조 없이 입증. 특히 실험 천장(0.91 kcal/mol) 근접을 학습 기반이 달성.독립 벤치 논문 · 대형 제약의 IsoDDE 정식 채택 공시 · NDR 추가 하락
R2오픈소스 성숙: OpenFE가 산업급 검증·지원·GPU 최적화·힘장을 확보해 상위 제약사가 상용 FEP를 오픈소스로 대체.Top20의 OpenFE 프로덕션 채택 · GDR 하락
R3대형 제약 인하우스화: 대형 제약이 자체 FEP 팀·인프라를 구축해 라이선스 이탈.Top20 계약가치 감소 · 대형 고객 수 감소
R4힘장 상품화: 오픈 힘장(OpenFF 등)이 OPLS의 커버리지 폭·정밀도 격차를 좁힘.오픈 힘장이 폭넓은 화학공간에서 OPLS 동급에 도달했다는 벤치 논문

가장 감시할 관문은 R1이다. 물리 천장이 낮다는 사실은 AI가 무한정 정확해지는 걸 막지만, 동시에 도전자가 천장까지 도달하기만 하면 정밀도 대결 자체가 무의미해진다는 뜻이다.

출처: 분석 · 반증조건 정의

가장 감시할 관문은 R1입니다. 물리 천장이 낮다는 사실은 AI가 무한정 정확해지는 걸 막아주지만, 동시에 도전자가 천장까지 도달하기만 하면 정밀도 대결 자체가 무의미해진다는 뜻이기도 합니다. 그래서 위협의 형태는 전면 대체보다 국지적 세그먼트 잠식일 가능성이 높습니다. 데이터가 풍부한 특정 타깃군에서 먼저 밀리고, 새 골격과 새 타깃에서는 물리 기반이 상대적으로 더 버팁니다. 그 순간 슈뢰딩거의 방어 축이 정밀도가 아니라 힘장 커버리지와 워크플로우 락인에 있었다는 게 분명해집니다.

곡괭이의 크기: 얼마나 큰 갱을 파고 있나

슈뢰딩거는 자기 시장의 10분의 1도 아직 안 먹었습니다. 상위 20대는 다 먹었지만, 시장 자체가 두 자릿수로 자라고 있어 파낼 갱은 남아 있습니다.

슈뢰딩거 소프트웨어와 가장 근접한 시장 정의(컴퓨테이셔널 의학·신약발굴 소프트웨어)로 보면, 시장 규모는 2024년 $2.5B에서 2025년 $2.9B 수준이고 연평균 15.5%로 성장합니다. 이 분모에서 슈뢰딩거의 점유율은 6.9%, 즉 자기 시장의 10분의 1에도 못 미칩니다. 상위 20대 제약사는 전원 확보했지만(질적 지배), 시장 전체로는 아직 초입입니다(양적 여백).

분모 함정을 주의해야 합니다. 신약 소프트웨어 시장의 정의는 기관마다 크게 갈립니다. 분모를 안 밝히면 지배적과 미미함이 둘 다 참이 됩니다.

분모 정의시장 규모 (2025)성장률SDGR 점유율
AI 신약발굴 (협의)$2.4B24.8%분모 작음 → 점유율 상승
컴퓨테이셔널 의학·신약발굴 SW (채택)$2.9B15.5%6.9%
CADD 전체 (광의)$4.7B11.8%분모 큼 → 점유율 하락

우리는 사업 실체와 가장 정합하는 분모(컴퓨테이셔널 의학·신약발굴 SW)를 고정해 점유율 6.9%를 쓴다. 세 분모에 따라 같은 회사의 점유율이 크게 달라진다.

출처: Verified Market Reports · Grand View Research · Precedence Research

성장 궤적의 방향(정성)은 이렇습니다. 상위 20대 완전 침투로 신규 로고의 상방은 제한적입니다. 성장은 좌석과 모듈 확장, hosted 전환에 따른 중소 고객 개방, 신제품(소재과학 확장 등)에서 나옵니다. 소재과학 매출은 아직 $17M로 작지만, 같은 물리 플랫폼을 배터리, 전자재료, 항공에 재사용하는 인접 확장 옵션입니다.

한 줄로 닫기

슈뢰딩거의 곡괭이는 물리학이 벼린 입장권과 워크플로우가 만든 갱도라는 이중 해자로 서 있습니다. AI 위협은 전면 대체가 아니라 국지적 잠식의 형태로 오고, 그 크기는 두 자릿수로 자라는 시장의 아직 10분의 1입니다.

이 장은 해자 자체로 닫습니다. 슈뢰딩거의 방어벽은 정밀도(입장권)와 워크플로우(체류비용)의 겹침이며, AI 위협은 전면 대체가 아니라 국지적 잠식의 형태로 옵니다. 이 해자의 강도가 기업가치로 번역되는 크럭스(소프트웨어 단독 가치가 회사 전체 가치의 어디까지를 설명하는가, 파이프라인은 얼마짜리 옵션인가)는 정량 계산의 영역입니다. 그 계산은 이 장이 하지 않고, 밸류에이션 장이 이 해자는 얼마짜리인가를 SOTP로 종합합니다.

슈뢰딩거의 해자는 물리학이 만든 입장권과 워크플로우가 만든 체류비용의 이중 구조입니다. 정밀도는 낮은 천장 탓에 대등해질 수 있으므로, 진짜 방어는 힘장 커버리지 폭과 통합 락인, 원가·지연에 있습니다. 이 해자가 얼마짜리인지는 밸류에이션 장이 SOTP로 계산합니다.

해자가 이렇게 강하다면 장부에는 그 힘이 곧바로 이익으로 찍혀 있어야 할 것 같습니다. 그런데 재무제표를 열면 정반대의 얼굴이 먼저 보입니다. 고마진 소프트웨어를 파는데도 회사 전체는 매년 대규모 적자를 냅니다. 그 모순부터 풀어봅니다.

2. 재무: 74%를 남기는 소프트웨어를 파는데 왜 적자인가

슈뢰딩거의 재무제표를 처음 열면 앞뒤가 맞지 않는 두 숫자가 부딪힙니다. 소프트웨어 세그먼트는 매출총이익률 74%를 남기는, 순수 SaaS에 가까운 고마진 사업입니다. 그런데 회사 전체는 매년 대규모 영업손실을 냅니다(FY2025 영업손실 $-167M). 게다가 GAAP 순이익은 장사가 아니라 보유 지분의 평가에 좌우돼, 어떤 해엔 영업손실을 내고도 순이익이 흑자였습니다. 이 장은 그 모순을 공시 1차 숫자로 풀어냅니다.

슈뢰딩거의 재무제표는 세 개의 층으로 읽어야 합니다. 첫째 층은 고마진 소프트웨어입니다. 둘째 층은 그 매출총이익을 통째로 태우는 자체 신약 파이프라인 R&D입니다. 회사는 소프트웨어가 회계상 남긴 이익을 자기 신약을 개발하는 데 쏟아부어 영업 단계에서 적자를 냅니다. 셋째 층은 바닥줄을 출렁이게 만드는 공동창업사 지분의 평가손익입니다. 여기에 한 가지 단서를 더해야 합니다. 소프트웨어가 남기는 것은 회계상 매출총이익이지, 회사 전체를 먹이는 현금흐름이 아닙니다. 지금까지 이 손실과 R&D를 실제로 떠받친 재원은 소프트웨어 영업현금이 아니라 2020년 IPO 조달 현금, 공동창업사 지분 회수, 협업 선불금이었습니다. 아직은 곳간이 회사를 먹여 왔고, 회사는 이제 스스로 현금을 버는 구조로 전환하려는 초입에 있습니다. 이 장은 그 세 층을 재무제표 여섯 각도(매출, 마진, 자본효율, 건전성, 환원, 위험 신호)로 해부합니다.

매출: 두 얼굴의 매출, 안정적 소프트웨어와 널뛰는 신약발굴

슈뢰딩거의 매출은 성격이 정반대인 두 세그먼트에서 나옵니다. 소프트웨어는 예측 가능하게 성장하고, 신약발굴은 마일스톤과 선불금의 인식 시점에 따라 반 토막에서 두 배로 널뜁니다. 그래서 총매출 한 줄만 보면 이 회사를 반드시 오해합니다. 총매출만 보면 FY2024에 감소했지만, 그 감소는 소프트웨어 부진이 아니라 신약발굴 매출의 급감 때문이었습니다. 소프트웨어는 그 해에도 두 자릿수로 성장했습니다.

세그먼트별 매출 궤적: 성격이 정반대인 두 얼굴 (FY2023~FY2025)
소프트웨어 (구독 라이선스, 예측 가능한 성장)
$159M
$180M
$200M
위는 완만한 우상향, 아래는 반 토막 후 두 배
신약발굴 (마일스톤·선불금, 널뛰는 매출)
$58M
$27M
$56M
FY2023
FY2024
FY2025

총매출은 $217M(FY2023) → $208M(FY2024) → $256M(FY2025). FY2024 감소는 소프트웨어가 성장하는 와중에 신약발굴이 빠진 결과.

출처: Schrödinger 실적발표(IR), FY2023~FY2025

소프트웨어 세그먼트는 구독 라이선스 판매로, 매년 늘었습니다. FY2023 $159M에서 FY2025 $200M로, 성장률은 완만하게 감속하지만(FY2024 13.4%에서 FY2025 10.6%로) 방향은 흔들리지 않습니다. 이 세그먼트 안에는 신약뿐 아니라 배터리, 전자재료, 항공 소재를 다루는 소재과학 매출도 포함돼 있으며, FY2025 기준 $17M 규모입니다.

신약발굴 세그먼트는 정반대입니다. FY2023 $58M에서 FY2024 $27M로 반 토막 났다가(YoY -52.7%), FY2025 $56M로 두 배 넘게 튀었습니다(YoY 107.4%). 이 매출은 협업 파트너의 마일스톤 달성, 대형 선불금의 이연 인식, 협업 종료에 따른 이연매출 가속 인식 등으로 분기와 연도마다 크게 출렁입니다. 매출의 질이 소프트웨어와 근본적으로 다릅니다. 그 결과 총매출은 FY2023 $217M에서 FY2024 $208M로 감소한 것처럼 보이지만, 이 감소는 소프트웨어가 성장하는 와중에 신약발굴이 빠진 결과입니다. 총매출 한 줄로 "매출이 줄었다"고 읽으면, 안정적으로 성장하는 소프트웨어와 원래 널뛰는 신약발굴을 뭉뚱그려 오해하게 됩니다.

한 가지 착시가 더 있습니다. 가장 최근 분기에는 소프트웨어 매출조차 회계상 꺾였습니다. 사업이 나빠져서가 아니라, 판매 방식을 설치형(온프레미스)에서 클라우드(Hosted)로 옮기면서 매출 인식 시점이 뒤로 밀렸기 때문입니다. Hosted 비중은 빠르게 올라가고 있습니다.

Hosted(클라우드) 비중 상승: 매출 인식이 뒤로 밀리는 과도기
20%
23%
34%
FY2024
FY2025
Q1 2026

출처: Schrödinger 실적발표(IR). 회사 2028년 Hosted 목표 75%.

설치형은 계약 시점에 매출을 앞당겨 인식하지만, Hosted는 서비스 기간에 걸쳐 나눠 인식합니다. 그래서 전환 과도기에는 연간 계약가치(ACV)가 늘어도 당장의 GAAP 소프트웨어 매출이 일시적으로 눌립니다. 소프트웨어 세그먼트의 분기 매출 한 줄만 보면 "성장이 멈췄다"고 오독할 수 있는데, 실제로는 인식 방식의 전환이 원인입니다. 이 매출 인식 착시는 이 장 마지막의 위험 신호 절에서 다시 다룹니다. 계약가치의 성장 감속이 침투 포화 때문인지 전환 과도기 때문인지의 논쟁, 그리고 고객 유지율의 해석은 이 재무 장의 범위를 넘어서므로 해자를 다루는 장과 증권사 분석 장으로 넘깁니다.

소프트웨어는 예측 가능하게 성장하고, 신약발굴은 마일스톤 인식에 따라 널뜁니다. 총매출 한 줄로는 이 두 얼굴을 읽을 수 없고, Hosted 전환은 소프트웨어 매출에 회계상 일시 하락을 더합니다.

마진: 74%를 남기는데 왜 회사는 적자인가

답은 매출총이익과 영업이익 사이에 있습니다. 소프트웨어는 매출총이익률 74%를 남깁니다. 순수 SaaS의 상단 벤치마크인 Veeva(75%)에 근접한 고마진입니다. 그런데 회사 전체 영업이익률은 FY2025 -65.2%, 즉 대규모 적자입니다. 매출총이익에서 남긴 돈을 자체 신약 파이프라인 R&D가 통째로 태우기 때문입니다. 슈뢰딩거의 적자는 소프트웨어 사업이 부실해서가 아니라, 그 매출총이익을 자기 신약 개발에 재투자하기로 선택한 결과입니다.

먼저 두 개의 매출총이익률을 나란히 봐야 합니다. 소프트웨어 매출총이익률은 소폭 내렸을 뿐이지만, 회사 전체(연결) 매출총이익률은 훨씬 크게 눌렸습니다. 두 마진의 낙폭 차이가 곧 "신약발굴 세그먼트가 마진을 갉아먹는다"는 신호입니다.

매출총이익률: 소프트웨어는 버티고, 연결은 크게 눌린다 (FY2023~FY2025)
소프트웨어 매출총이익률 (고마진 유지)
81%
80%
74%
위의 완만한 하락 vs 아래의 큰 낙폭 = 신약발굴이 마진을 갉아먹는다
연결 매출총이익률 (신약발굴에 눌림)
64.9%
63.6%
55.7%
FY2023
FY2024
FY2025

소프트웨어 GM 하락은 Hosted 전환의 호스팅 원가 반영분. 그래도 순수 SaaS 상단(Veeva 75%)에 근접.

출처: Schrödinger 실적발표(IR), FY2023~FY2025

소프트웨어 매출총이익률은 81%에서 74%로 완만히 내렸습니다. 소폭 하락의 배경에는 Hosted 전환이 있습니다. 설치형과 달리 클라우드는 서버와 호스팅 비용을 회사가 부담하므로 원가가 얹힙니다. 그럼에도 이 마진은 순수 SaaS 상단 벤치마크인 Veeva(75%)에 근접한 수준으로, 소프트웨어 자체는 여전히 매우 남는 장사입니다. 이 마진이 왜 이렇게 높은가(물리 시뮬레이션의 전환비용과 독점적 정밀도)의 기술적 원천은 해자를 다루는 장에서 다룹니다.

반면 연결 매출총이익률은 64.9%에서 55.7%로, 소프트웨어보다 훨씬 크게 눌렸습니다. 이 낙폭의 비대칭이 핵심입니다. 회사 전체 매출총이익($141M에서 $143M)이 매출 성장만큼 늘지 못한 것은, 신약발굴 세그먼트에 배분된 비용이 그 세그먼트 매출을 초과하는 해가 있었기 때문입니다. 신약발굴의 매출총이익률은 협업 구조에 따라 어떤 해엔 플러스, 어떤 해엔 마이너스로 출렁입니다(공식 세그먼트 마진은 미공시라 역산 영역이며, 세그먼트 수익성 분해는 밸류에이션 장으로 넘깁니다).

이제 매출총이익에서 영업손실까지의 거리를 봅니다. 매출총이익은 흑자인데 영업이익은 대규모 적자입니다. 그 사이를 벌린 것은 압도적인 연구개발비입니다.

영업손실 궤적: R&D가 이익을 통째로 태운다 (FY2023~FY2025)
$-177M
$-209M
$-167M
FY2023
FY2024
FY2025

출처: Schrödinger 실적발표(IR). FY2025 R&D 절감(임상 축소)으로 손실 폭 축소.

영업손실은 FY2023 $-177M, FY2024 $-209M, FY2025 $-167M로 매년 대규모입니다. 영업이익률로 보면 FY2024엔 -100.8%까지, 즉 매출보다 영업비용이 더 컸던 해도 있었습니다. 이 적자의 단일 최대 원인은 연구개발비입니다. R&D는 FY2023 $182M에서 FY2024 $202M로 늘어, 그 해 총매출 $208M와 거의 같았습니다.

여기서 중요한 구분이 있습니다. 이 R&D의 상당 부분은 소프트웨어를 만드는 비용이 아니라, 슈뢰딩거가 자기 소프트웨어로 직접 신약을 발굴하는 자체 파이프라인 비용입니다. 회사는 소프트웨어에서 남긴 고마진 이익을 자기 신약 임상에 재투자하기로 선택했고, 그 선택이 영업 적자로 나타납니다. 다만 한 가지는 짚어야 합니다. 소프트웨어가 남긴 돈은 회계상 매출총이익이지, 회사 전체를 먹이는 영업현금이 아닙니다. 지금까지 이 R&D와 손실을 실제로 떠받친 재원은 소프트웨어 영업현금흐름이 아니라 2020년 IPO로 조달한 현금, 공동창업사 지분 회수(2023년 Nimbus의 TYK2 프로그램 매각 분배금), 그리고 협업 선불금이었습니다. 아직은 소프트웨어가 회사를 먹이는 단계가 아니라 곳간이 먹여 온 단계이고, 회사는 이제 막 스스로 현금을 버는 구조로 전환하려는 초입에 있습니다.

이 지점이 흔한 오해를 흔듭니다. "고마진 SaaS인데 적자면 사업 모델이 잘못된 것 아니냐"는 시각입니다. 그러나 슈뢰딩거의 적자는 소프트웨어 사업의 실패가 아니라, 소프트웨어 위에 신약 개발이라는 두 번째 사업을 얹은 구조적 선택입니다. FY2025에 R&D를 $173M로 줄이며 임상을 축소하자 영업손실도 $-167M로 줄었습니다. 손실의 크기가 R&D 지출의 크기를 따라 움직인다는 사실 자체가, 이 적자가 소프트웨어 사업의 부실에서가 아니라 R&D 지출 라인에서 발생함을 보여줍니다. 그 R&D 지출(자체 신약 개발)이 미래 가치를 쌓는 자산인지 현금을 태우는 소각기인지의 가치판단은 이 재무 장의 몫이 아니라 파이프라인 옵션을 다루는 장으로 넘깁니다.

회사가 참고 지표로 제시하는 조정 EBITDA도 적자입니다. FY2024 $-152M에서 FY2025 $-115M로 적자 폭이 줄었습니다. 감가상각과 SBC를 제외해도 여전히 적자라는 뜻이며, 이 회사의 손실이 회계적 비현금 항목이 아니라 실제 지출(주로 R&D)에서 나온다는 것을 확인해 줍니다.

소프트웨어는 74%를 남기지만, 회사는 그 매출총이익을 자체 신약 R&D($173M)에 쏟아부어 영업손실 $-167M를 냅니다. 적자의 크기는 R&D 지출을 따라 움직입니다. 적자는 소프트웨어 사업의 부실이 아니라 R&D 지출 라인에서 나옵니다. 다만 그 매출총이익은 회계 이익이지 회사를 먹이는 현금흐름이 아니며, 그 R&D 지출이 자산인지 소각인지의 가치판단은 파이프라인 옵션을 다루는 장의 몫입니다.

자본효율: 돈을 얼마나 빨리 태우고, 얼마나 버틸 수 있나

손실 기업의 자본효율은 ROIC가 아니라 "현금을 얼마나 빨리 태우는가(번레이트)"와 "얼마나 버티는가(활주로)"로 봅니다. 슈뢰딩거는 오래 현금을 태워 왔습니다. 그런데 FY2025에 갑자기 잉여현금흐름이 흑자로 돌아섰습니다. 숫자만 보면 극적인 반전이지만, 그 뒤를 봐야 합니다.

잉여현금흐름(FCF) 궤적: 오래 태우다 FY2025에 소폭 흑자 (FY2023~FY2025)
$13M
$-150M
$-165M
FY2023
FY2024
FY2025

출처: Schrödinger 실적발표(IR). FY2025 흑자엔 Novartis 대형 선불금 효과 상당.

FCF(잉여현금흐름)는 FY2023 $-150M, FY2024 $-165M로 매년 대규모 유출이었습니다. 회사는 소프트웨어에서 번 현금보다 훨씬 많은 현금을 자체 R&D와 운영에 태워 왔습니다. 그러다 FY2025에 잉여현금흐름이 $13M로, 마진 4.9%의 소폭 흑자로 돌아섰습니다. 자본지출을 크게 줄인 것도 한몫했습니다. Capex는 FY2023 $13M에서 FY2025 $1M로 급감했는데, 물리적 인프라 투자를 줄이며 자산경량 구조로 옮긴 결과입니다.

항목FY2023FY2024FY2025
영업현금흐름(OCF)$-137M$-157M$14M
자본지출(Capex)$13M$7M$1M
잉여현금흐름(FCF = OCF − Capex)$-150M$-165M$13M

영업현금흐름이 FY2025에 흑자로 돌아섰지만, 그 상당 부분은 Novartis 협업 선불금이 이연부채로 잡히며 들어온 현금 효과입니다.

이 흑자 전환을 "유기적 현금창출로의 전환"으로 읽으면 안 됩니다. FY2025 영업현금흐름 흑자($14M)의 상당 부분은 Novartis와의 대형 협업에서 2025년 1월에 받은 선불금이 이연부채로 잡히며 현금이 들어온 효과입니다. 실제 영업 손익은 여전히 대규모 적자($-167M)입니다. 이 착시는 이 장 마지막의 위험 신호 절에서 정면으로 다룹니다.

현금을 태우는 회사에서 가장 중요한 질문은 "얼마나 버티는가"입니다. 활주로(runway)는 회사가 지금의 현금으로 지금의 손실 속도를 얼마나 버티는지를 봅니다. 순현금 $292M에 비해 분기 영업손실은 $-49M 수준입니다. 순현금이 분기 손실을 여러 배 덮으므로 당장의 자금 압박은 없지만, 무한정 버틸 만큼 넉넉하지는 않습니다. 일회성 선불금을 걷어낸 정상화 번레이트로 거칠게 어림하면 활주로는 대략 2년에서 2년 반 안팎으로, 유한한 길이입니다. 다만 이 개월 수는 확정치가 아니라 정성적 근사이며, 정량 개월 수와 유기적 흑자 도달 시점은 밸류에이션 장이 확정합니다.

게다가 FY2025 잉여현금흐름이 일회성이나마 흑자였고, 회사는 FY2026 총 영업비용을 FY2025 이하로 안내하며 R&D 절감(임상 축소)을 예고했습니다. 현금 소진 속도 자체가 과거보다 느려지는 국면입니다. 이 회사의 재무 위험은 "현금이 곧 마른다"가 아니라, "유기적으로 흑자를 낼 수 있느냐"라는 더 긴 시계의 질문입니다.

슈뢰딩거는 오래 현금을 태워 왔고(FY2024 FCF $-165M), FY2025 흑자 전환($13M)은 Novartis 선불금이 만든 일회성입니다. 다만 순현금 $292M이 분기 손실을 여러 배 덮어 당장의 압박은 없되, 정상화 번레이트 기준 유한한 활주로이지 무한정 넉넉한 것은 아닙니다(정량 개월 수와 흑자 시점은 밸류에이션 장이 확정).

재무건전성: 총부채가 큰데, 위험한 거 아니야

재무상태표의 총부채는 크게 잡힙니다. 하지만 그 안에 전통적인 은행 차입이나 회사채는 사실상 0입니다. 부채로 잡힌 것은 전액 매장과 연구소를 빌린 리스 의무입니다. 순수 현금 포지션을 보면 슈뢰딩거는 오히려 순현금 $292M의 무차입 회사입니다. "총부채가 크다"는 첫인상은 리스 회계가 만든 착시입니다.

유동성이 리스 의무를 압도한다 (Q1 2026)
$407M
$292M
$107M
총 유동성
순현금
리스부채 (유일한 '부채')

슈뢰딩거의 이자부 부채는 전통 금융차입이 아니라 운영리스 의무입니다. 유동성이 그 리스를 여러 배로 덮습니다.

재무상태표의 총부채는 크게 잡히지만, 그 이자부 부채는 은행 대출이나 회사채가 아니라 매장과 연구소를 임차하며 생긴 운영리스 의무입니다. Q1 2026 기준 이 리스부채는 $107M입니다. 은행에 갚아야 할 원리금 성격의 금융차입은 사실상 존재하지 않습니다. 반대편 현금 포지션은 두텁습니다.

항목Q1 2026
현금 및 현금성자산$260M
단기투자(유가증권)$139M
제한현금$8M
총 유동성$407M
리스부채(운영리스 의무)$107M
순현금(현금+단기투자−리스부채)$292M

현금 및 현금성자산에 단기투자를 더하고 리스부채를 빼면 순현금이 양수입니다. 부채로 눌린 회사가 아니라 순현금을 쌓아둔 무차입 회사입니다.

따라서 "총부채가 크니 재무가 위험하다"는 판단은 이 회사에 맞지 않습니다. 리스 의무는 매달 나가는 임차료 고정비이지, 만기에 상환 압박이 몰리는 금융부채가 아닙니다. 총유동성(현금 + 단기투자 + 제한현금)은 Q1 2026 기준 $407M로, 앞서 본 분기 손실 규모에 비하면 두툼합니다. 무차입 구조에 이 유동성이 더해져 슈뢰딩거는 손실을 버틸 시간을 확보하고 있으나, 유기적 흑자에 이르지 못하면 결국 추가 조달이 필요합니다. 정리하면 슈뢰딩거의 대차대조표는 손실 기업치고 매우 견고합니다. 금융차입 0, 순현금 $292M, 총유동성 $407M. 회사가 자체 신약 임상이라는 고비용 베팅을 이어갈 수 있는 물리적 토대가 여기 있습니다. 이 회사의 재무 위험은 부채가 아니라 손익(적자의 지속), 그리고 유기적 흑자에 이르지 못한 채 적자가 길어질 때 따라오는 증자와 희석 가능성에 있습니다.

총부채가 크게 잡히지만 전통 금융차입은 0이고 전액 리스($107M)입니다. 순현금 $292M, 총유동성 $407M의 무차입 회사입니다. 재무 위험은 부채가 아니라 적자의 지속(과 유기적 흑자 미도달 시 증자와 희석 가능성)에 있습니다.

주주환원: 주주에게 얼마나 돌려줬나

한 푼도 돌려주지 않습니다. 배당도 없고 자사주 매입도 없습니다. 손실을 내며 성장에 재투자하는 기업이라 당연한 선택입니다. 슈뢰딩거는 배당을 지급한 적이 없고, 자사주 매입 프로그램도 운영하지 않습니다. 번 현금보다 태우는 현금이 많은 손실 기업이므로, 남는 현금을 주주에게 돌려주는 대신 사업(자체 신약 R&D)에 재투자합니다. 이는 결함이 아니라 손실과 성장 기업의 정상적인 선택입니다. 배당과 자사주를 기대하고 이 종목을 보는 것은 성격에 맞지 않습니다. 주주는 환원이 아니라 소프트웨어 성장과 파이프라인 옵션의 미래 가치에 베팅하는 것입니다.

돌려주기는커녕 주주 지분은 주식보상(SBC)으로 오히려 희석되는 방향입니다.

SBC(주식보상비용) 추이: '역방향 환원' (FY2023~FY2025)
$48M
$50M
$43M
FY2023
FY2024
FY2025

출처: Schrödinger 실적발표(IR). 현금 대신 주식·옵션으로 지급하는 비용.

SBC(주식보상비용)는 임직원에게 현금 대신 주식과 옵션으로 보상하는 비용입니다. 슈뢰딩거의 SBC는 FY2023 $48M, FY2024 $50M, FY2025 $43M 규모입니다. 주주 입장에서 SBC는 "역방향 환원"입니다. 회사가 주식을 새로 찍어 직원에게 주는 만큼 기존 주주의 지분이 희석되기 때문입니다. 다만 실제 희석 속도는 SBC 규모에 비해 완만합니다.

항목FY2023FY2024FY2025
SBC / 매출 비율22.1%24%16.8%
희석 가중평균 주식수75M주73M주73M주

SBC는 매출 대비 상당한 비중이지만, 희석 가중평균 주식수는 오히려 소폭 줄었습니다(손실 연도라 기본 주식수와 희석 주식수가 같게 잡히는 회계 효과 포함).

SBC의 매출 대비 비중은 22.1%에서 16.8%로 FY2025엔 다소 낮아졌지만 여전히 매출의 상당 부분입니다. 그런데 희석 가중평균 주식수는 FY2023 75M주에서 FY2025 73M주로 오히려 소폭 줄었습니다. 옵션 행사 속도가 느리거나 일부 상쇄 요인이 작용한 결과일 수 있으며, 정확한 원인은 추가 확인이 필요한 영역입니다. 요지는 SBC라는 비용은 크지만 그것이 곧바로 대규모 주식수 급증으로 나타나지는 않았다는 것입니다.

배당도 자사주도 없습니다. 손실과 성장 기업의 정상적 선택입니다. 주주 몫은 오히려 SBC($43M)로 희석되나, 실제 주식수 증가는 완만합니다(75M주에서 73M주).

위험 신호: 재무제표가 숨긴 붉은 깃발은

슈뢰딩거 재무제표를 읽을 때 반드시 걸러야 할 착시가 셋 있습니다. 첫째, GAAP 순이익은 장사가 아니라 지분 평가에 좌우됩니다. 둘째, 신약발굴 매출은 마일스톤 인식으로 널뛰어 추세로 읽으면 안 됩니다. 셋째, FY2025 현금흐름 흑자는 Novartis 선불금이 만든 일회성입니다. 이 셋을 모르면 이 회사의 재무를 정반대로 읽습니다.

위험 신호현황함의강도
GAAP 순이익의 지분평가 의존영업손실 $-177M에도 순이익 $41M 흑자바닥줄을 영업 실적으로 읽으면 안 됨. 지분 마크로 출렁중간 (핵심)
신약발굴 매출의 널뜀FY2024 -52.7% → FY2025 107.4%마일스톤·선불금 인식 시점 효과. 추세로 오독 위험주의
Hosted 매출 인식 착시Hosted 비중 상승(23%34%)GAAP 소프트웨어 매출 일시 하락 = 사업 악화 아님주의
FY2025 현금흐름 흑자 = 일회성FCF $13M에 Novartis 선불금 효과 상당유기적 흑자 전환 아님. 착시중간
유기적 흑자 미도달 시 증자·희석활주로 유한(정상화 번레이트 기준), 흑자 전환은 협업 마일스톤·선불금에 의존유기 흑자 지연 시 추가 자본조달로 주주 희석 가능중간

슈뢰딩거의 진짜 재무 위험은 부도나 유동성이 아니라 '숫자에 속기 쉬움'입니다. 가장 무거운 신호는 GAAP 순이익의 지분평가 의존입니다.

가장 큰 착시부터 봅니다. 슈뢰딩거는 자기 소프트웨어로 공동 창업하거나 협업한 신약 스타트업들의 지분을 보유합니다. 이 지분의 공정가치가 오르내리면 그 평가손익이 영업외 손익으로 잡혀 GAAP 순이익을 크게 흔듭니다. FY2023이 극적인 사례입니다. 영업에서는 $-177M 손실을 냈는데, 순이익은 $41M 흑자였고 희석 EPS도 $0.54로 플러스였습니다. 영업손실과 순이익의 부호가 반대인 것입니다. 이 흑자는 장사가 아니라 대규모 지분 평가이익이 만든 것입니다.

같은 구조가 FY2025에도 작동했습니다. 영업손실은 $-167M였지만 순손실은 그보다 훨씬 작은 $-103M에 그쳤습니다. 그 간극을 메운 것은 지분 평가이익 중심의 영업외 수익입니다. 실제로 FY2025 기타수익은 $65M로, 대부분이 보유 지분의 공정가치 평가이익입니다. 슈뢰딩거의 바닥줄은 "얼마나 잘 팔았나"가 아니라 "보유 지분이 얼마나 평가받았나"에 좌우됩니다. 이 지분의 장부가는 그 자체로 변동성이 큽니다. 장기 지분투자 공정가치는 FY2025 $74M에서 Q1 2026 $40M로 크게 내렸습니다. 마크가 오르면 순이익이 부풀고, 내리면 순손실이 커집니다. 따라서 슈뢰딩거의 GAAP 순이익과 EPS를 분기와 연도 단위로 비교하며 "흑자 전환했다", "적자가 커졌다"고 읽는 것은 위험합니다. 이 지분자산이 별도의 가치 레이어로서 밸류에이션에서 어떻게 다뤄지는지는 밸류에이션 장으로 넘깁니다.

매출 쪽에도 두 개의 착시가 있습니다. 첫째, 신약발굴 매출은 협업 마일스톤과 선불금의 인식 시점에 따라 크게 출렁입니다. FY2024 -52.7%에서 FY2025 107.4%로 반 토막에서 두 배를 오간 것이 그 증거입니다. 어느 한 해의 신약발굴 매출을 성장 추세로 외삽하면 반드시 틀립니다. FY2025의 높은 수치엔 Novartis 대형 선불금의 이연 인식이 얹혀 있어, 다음 해엔 그 기저가 사라집니다. 둘째, 소프트웨어 매출은 Hosted 전환으로 회계상 일시 하락합니다. Hosted 비중이 23%에서 34%로 오르는 과도기에는 계약이 늘어도 GAAP 매출이 눌립니다. 이 하락을 사업 악화로 읽으면 오독입니다. 두 착시의 공통 교훈은 하나입니다. 슈뢰딩거의 매출은 GAAP 헤드라인 한 줄로 읽으면 안 되고, 세그먼트별로 성격을 나눠 읽어야 합니다.

마지막으로, 가장 반가워 보이는 숫자가 가장 조심해야 할 숫자입니다. 앞서 자본효율 절에서 봤듯 FY2025 영업현금흐름 흑자($14M)의 상당 부분은 Novartis와의 대형 협업에서 받은 선불금이 이연부채로 잡히며 유입된 효과입니다. 선불금은 미래에 서비스를 제공해야 할 의무(이연부채)와 짝을 이루는, 미리 받은 돈입니다. 이 현금 유입을 "회사가 이제 스스로 현금을 번다"는 신호로 읽으면 안 됩니다. 유기적 관점에서 보면 슈뢰딩거는 여전히 영업에서 $-167M 적자를 내고, R&D로 현금을 태우는 회사입니다. FY2025 흑자는 진짜 손익 구조가 바뀐 것이 아니라, 특정 시점에 대형 선불금이 들어온 타이밍 효과입니다. 유기적 흑자가 언제 가능한가라는 진짜 질문의 정량 추정은 밸류에이션 장의 몫입니다.

슈뢰딩거 재무제표는 세 착시를 걸러 읽어야 합니다. GAAP 순이익은 지분 평가에 좌우되고(FY2023 영업손실에도 순이익 흑자), 매출은 신약발굴 널뜀과 Hosted 인식으로 추세가 왜곡되며, FY2025 현금흐름 흑자는 Novartis 선불금이 만든 일회성입니다.

그 적자의 정체는 곡괭이가 못 벌어서가 아니라, 곡괭이가 번 돈을 회사가 직접 금을 캐는 데(자체 신약 파이프라인) 쏟아붓기 때문이었습니다. 그렇다면 그 채굴 사업은 얼마짜리 복권일까요. 소프트웨어가 본체인 회사가 왜 남의 광산에까지 올라탔는지부터 봅니다.

3. 채굴자와 곡괭이, 슈뢰딩거는 왜 남의 광산에 올라탔나

슈뢰딩거(SDGR)의 신약 파이프라인은 자사 소프트웨어(FEP+)로 직접·간접 발굴한 신약 자산의 옵션 묶음입니다. 자체 임상 프로그램, 대형 제약사와의 발굴 협업, 공동창업 바이오텍 지분 세 갈래로 나뉩니다. 소프트웨어가 본체인 회사가 신약 성과에도 올라탄 이 구조가, 슈뢰딩거를 순수 소프트웨어 기업과 다르게 만듭니다.

슈뢰딩거의 본체가 골드러시의 곡괭이 장수, 즉 신약을 설계하는 물리기반 소프트웨어를 세계 최상위 제약사들에 파는 사업이라는 것은 해자 장에서 봤습니다(그 소프트웨어의 해자도 해자 장의 몫입니다).

그런데 슈뢰딩거는 곡괭이만 팔지 않습니다. 자기 곡괭이를 직접 들고 금을 캐고(자체 파이프라인), 자기 곡괭이로 캐는 다른 광부들의 광산 지분까지 들고 있습니다(공동창업 지분). 이 장이 다루는 것은 바로 이 부분입니다. 곡괭이 장사꾼이 직접 채굴에 뛰어든 대가와 보상입니다.

슈뢰딩거의 세 겹 구조

곡괭이를 판다(소프트웨어): 이 장의 주제가 아닙니다. 결합 자유에너지를 예측하는 물리기반 엔진이 본체이고, 그 경쟁력은 해자 장의 몫입니다.

직접 캔다(자체 파이프라인): SGR-1505(MALT1 억제제), SGR-3515(Wee1/Myt1 억제제) 등 자체 임상 프로그램. 곡괭이를 직접 휘둘러 캐는 금입니다.

남의 광산에 올라탄다(협업·지분): 대형 제약사와의 발굴 협업(성공보수), 그리고 자기가 씨를 뿌린 바이오텍 지분(피인수 시 현금화).

핵심은 이 세 갈래가 서로 다른 사업이라는 점입니다. 뒤에서 보겠지만, 이걸 뭉뚱그려 "소프트웨어 회사가 부업으로 신약을 한다"로 단순화하면 반드시 한쪽을 오해합니다. 세 갈래는 각기 다른 방식으로 현금이 되고, 각기 다른 위험을 집니다.

슈뢰딩거곡괭이 장수제약사 다수곡괭이 판매(이 장 밖)자체 광산자체 파이프라인(SGR-1505·3515)남의 광산 지분공동창업 바이오텍
곡괭이 장수의 세 갈래. 오른쪽 소프트웨어 판매는 이 장의 주제가 아니라 흐리게 처리했습니다.

그 곡괭이는 어디까지 보는가

물리기반 발굴은 "분자가 표적에 얼마나 잘 붙는가"를 정밀하게 예측합니다. 그러나 "그 분자를 사람에게 썼을 때 안전한가"는 예측 대상이 아닙니다. 곡괭이는 광맥은 잘 찾지만 광맥의 독성은 못 봅니다. 이 경계가 슈뢰딩거 자체 파이프라인의 위험을 규정합니다.

곡괭이가 정밀하게 보는 것

슈뢰딩거의 곡괭이(FEP+, Free Energy Perturbation, 자유에너지 섭동법)가 하는 일은 한 문장으로 요약됩니다. 어떤 후보 분자가 표적 단백질에 얼마나 강하게 결합하는지(결합 자유에너지)를 물리 법칙으로 계산하는 것입니다. 공개 벤치마크에서 이 예측의 정밀도는 실험 재현성에 근접하는 수준으로 보고됩니다(기술적 세부는 해자 장에서 다룹니다).

이 정밀도는 실전에서 세 가지로 나타납니다.

곡괭이가 정밀하게 보는 세 가지

잠재력(potency) 최적화: 표적에 더 강하게 붙는 분자를 골라냅니다.

선택성 설계: 원하는 표적에만 붙고 엉뚱한 단백질은 건드리지 않는 분자를 만듭니다.

합성 압축: 실험실에서 실제로 만들어 시험하는 화합물 수를 줄여, 발굴 속도를 높입니다.

가장 강한 실전 증거는 공동창업(지분) 자산에서 나왔습니다. 슈뢰딩거의 물리기반 설계로 나온 TYK2 억제제(zasocitinib, 공동창업사 Nimbus에서 발원)는 Phase 3에서 이미 승인된 동종 최고 약물을 직접 비교로 이겼습니다. 곡괭이가 "실제로 더 나은 분자"를 만든다는 임상 증거입니다.

곡괭이가 못 보는 것

문제는 여기서 시작됩니다. 결합 자유에너지 계산이 예측하는 것은 "분자가 표적에 붙는 힘"이지, "그 분자를 사람 몸에 넣었을 때 안전한가", "치료 창(therapeutic window)이 충분한가", "특정 환자군이 견디는가"가 아닙니다. 이건 곡괭이의 결함이 아니라 곡괭이의 물리적 시야 범위입니다.

이 경계를 가장 아프게 실증한 것이 SGR-2921입니다. CDC7이라는 표적을 겨냥한 이 자체 프로그램은 2025년 8월 개발이 중단됐습니다. 급성 골수성 백혈병(AML) 환자를 대상으로 한 초기 임상에서 환자 두 명이 사망했고, 회사가 약물이 사망에 기여했다고 인정하며 프로그램을 접었습니다.

SGR-2921 중단이 실증하는 것: 실패는 분자 품질이 아니라 표적 생물학에서 났다

여기서 오해를 미리 끊어야 합니다. 이 사망은 "곡괭이가 부실한 분자를 만들었다"는 뜻이 아닙니다. 반대입니다.

곡괭이는 제 일을 했습니다. FEP+는 강력하고 선택적인 분자를 설계했고, 단일요법에서 초기 활성 신호도 나왔습니다. 결합과 선택성이라는 분자 품질 축에서는 실패가 없었습니다.

문제는 다른 층에서 터졌습니다. 그 분자가 겨냥한 표적(CDC7) 자체를 사람 몸에서 억제하는 것이 안전하지 않았습니다. CDC7은 여러 대형 제약사가 프로그램을 접은 무덤 표적으로, 전임상 가정(정상세포는 회복하고 암세포만 죽는다)이 임상에서 재현되지 않았습니다.

결합 자유에너지 계산은 이 층을 예측할 수 없습니다. 표적을 건드리는 것 자체가 사람에게 안전한가는 어떤 발굴법으로 분자를 만들었든 임상에 넣기 전에는 확인할 수 없습니다.

여기서 두 개의 층을 분명히 구분해야 합니다. 하나는 표적 생물학 층(그 표적을 건드리는 것 자체가 사람에게 안전한가)이고, 다른 하나는 분자 품질 층(그 표적을 건드리는 분자가 얼마나 정밀하고 선택적인가)입니다. 물리기반 곡괭이가 개선하는 것은 오직 분자 품질 층입니다. SGR-2921이 무너진 곳은 그보다 아래의 표적 생물학 층이었고, 이 층의 위험은 발굴 방법과 무관하게 모든 신약이 임상에서 처음 확인합니다.

곡괭이가 보는 것 (분자 품질 층)

결합 자유에너지(표적에 붙는 힘)

잠재력(potency) 최적화

선택성(엉뚱한 단백질 회피)

합성 화합물 수 압축

곡괭이가 못 보는 것 (표적 생물학 층)

생체 내 안전성

치료 창(therapeutic window)

환자군 내약성

상업화 성공

이 경계가 투자 서사에 주는 함의

이 지점이 이 장에서 가장 중요한 방어선입니다. 강세론자들은 종종 "슈뢰딩거는 물리기반 설계라 임상 성공률(POS, Probability of Success)이 더 높은 신약을 만든다"고 말합니다. 그러나 결합 예측의 정밀도는 표적 생물학과 환자 내약성으로 확장되지 않고, 이 두 층의 위험은 어떤 발굴법으로도 임상 전에 제거할 수 없습니다.

따라서 슈뢰딩거의 자체 임상 파이프라인은 여느 바이오텍과 똑같은 이진(binary) 임상 위험을 집니다. "물리기반 = 높은 임상 POS"라는 서사는 아직 입증되지 않았고, SGR-2921 중단은 그 미입증을 드러낸 실증 사례입니다. 곡괭이의 정밀도(결합 예측)를 신약의 성공률(임상 통과)로 착각해서는 안 됩니다.

동시에 반대 극단도 경계해야 합니다. 사망 사건 하나로 "곡괭이가 쓸모없다"고 결론 내리는 것도 오독입니다. 소프트웨어 사업의 핵심 가치(결합 예측 정밀도)는 그대로이고, 대형 제약사가 반복해서 수표를 쓴다는 사실이 그 유용성을 외부에서 검증합니다. 무너지는 것은 오직 하나, "물리기반 설계 = 끝까지 더 안전한 신약"이라는 과장된 서사입니다.

곡괭이는 분자 품질 층(결합·선택성)을 정밀하게 봅니다. 그러나 표적 생물학 층(그 표적을 사람이 견디는가)은 못 봅니다. 슈뢰딩거의 자체 파이프라인이 여느 바이오텍과 같은 이진 임상 위험을 지는 이유이고, SGR-2921 중단이 그 경계의 실증입니다.

세 갈래 광맥

슈뢰딩거의 파이프라인은 하나의 사업이 아니라 세 개의 서로 다른 옵션입니다. 자기가 직접 캐는 자체 임상, 남에게 곡괭이를 빌려주고 받는 협업 성공보수, 자기가 씨 뿌린 광산의 지분. 셋은 각기 다른 방식으로 현금이 됩니다.

세 갈래를 뭉뚱그리면 안 되는 이유부터 짚습니다. 이 셋은 서로 다른 자산이고, 서로 다른 방식으로 현금이 되며, 서로 다른 위험을 집니다. 하나로 묶어 "신약 매출"이라 부르면, 반복 불가능한 일회성 지분회수를 성장 매출로 오해하거나, 확률 낮은 먼 미래의 마일스톤을 확정 현금처럼 셈하게 됩니다. 실제로 신약 세그먼트 매출은 마일스톤 이연인식 타이밍의 함수라, YoY 진폭이 극단적으로 튑니다. FY2024에 -52.7%, FY2025에 107.4%였습니다. 이 진폭에 성장 배수를 붙이는 것은 위험합니다.

세 갈래 광맥, 각기 다른 현금화 채널
갈래무엇인가현금이 되는 방식성격
자체 채굴SGR-1505·SGR-3515 등 자체 임상 자산자체 상업화 또는 라이선스아웃순수 옵션, 임상 탈락 위험 노출
곡괭이 대여료 + 성공보수대형 제약사와의 발굴 협업업프론트(확정) + 마일스톤(조건부) + 로열티(상업화 시)계약형, 대부분 초기 단계
남의 광산 지분공동창업·시드한 바이오텍 지분피인수 시 지분 매각 대금벤처 리턴형, 드물게 크게 터짐

자체 채굴, 좁지만 선명한 니치

자체 파이프라인은 슈뢰딩거가 직접 곡괭이를 들고 캐는 금입니다. 임상 단계에 있는 두 자산이 핵심입니다.

임상 단계 자체 자산 두 개
자산표적 / 적응증현재 신호무기와 한계
SGR-1505MALT1 억제제 / 재발·불응성 B세포 혈액암Phase 1 전체 ORR 22%WM 코호트 전원 반응(소규모), FDA Fast Track·희귀의약품 지정. 좁고 선명한 니치가 무기
SGR-3515Wee1/Myt1 이중 억제제 / 진행성 고형암100mg 이상 DCR 65%안정 병변(SD) 포함 초기 약한 신호. 같은 계열(Wee1) 경쟁 약물 패혈증 사망 신호로 계열 독성 위험

ORR은 객관적 반응률, DCR은 질병통제율. SGR-3515의 DCR은 안정 병변을 포함한 초기의 약한 신호입니다.

SGR-1505의 Phase 1 전체 객관적 반응률(ORR, Objective Response Rate)은 22%로, 숫자만 보면 평범합니다. 그러나 발덴스트룀 마크로글로불린혈증(WM)이라는 특정 희귀 혈액암 환자군에서는 대상 전원이 반응했습니다. 미국 식품의약국(FDA)이 이 적응증에 신속심사(Fast Track)와 희귀의약품 지정(Orphan Drug Designation)을 부여했습니다. 넓은 시장이 아니라 좁고 선명한 니치가 이 자산의 무기입니다.

SGR-3515(Wee1/Myt1 이중 억제제)는 진행성 고형암이 표적입니다. 100mg 이상 용량에서 질병통제율(DCR, Disease Control Rate)이 65%로 보고됐지만, 이는 안정 병변(SD)을 포함한 초기의 약한 신호입니다. 게다가 같은 계열(Wee1) 경쟁 약물에서 패혈증 사망 신호가 나온 적이 있어, 계열 독성 위험을 안고 갑니다.

두 자산 모두 회사가 "전략적 파트너십 탐색 중"이라고 밝혔습니다. 자체 자금으로 Phase 2 대규모 임상을 끝까지 밀기보다, 파트너에게 넘겨 자금 부담을 던지겠다는 신호입니다. 곡괭이 장수가 직접 캐다가, 깊이 파야 하는 지점에서는 광부에게 넘기는 구조입니다.

곡괭이 대여료 + 성공보수, 협업 딜의 경제성

두 번째 갈래는 남에게 곡괭이를 빌려주고 받는 돈입니다. 대형 제약사가 슈뢰딩거의 발굴 능력을 사서, 표적을 함께 찾고 개발·상업화는 자기가 맡는 구조입니다. 슈뢰딩거는 세 가지로 돈을 받습니다.

협업 딜의 세 가지 현금 채널

업프론트: 계약 서명 시 받는 확정 현금. 유일하게 위험이 없는 부분입니다.

마일스톤(biobuck): 개발·규제·상업화 단계마다 조건부로 받는 돈. 헤드라인 금액은 모든 표적이 끝까지 성공했을 때의 합계라, 실제 실현액은 그 일부입니다.

로열티: 상업화에 성공한 뒤 매출의 일정 비율. 가장 후순위이고 가장 먼 이야기입니다.

여기서 실전 운영자의 반박을 미리 방어합니다. "biobuck 헤드라인 $2.7B이 무슨 소용인가, 대부분은 실현 안 될 콜옵션 아닌가"라는 지적입니다. 맞습니다. 마일스톤 헤드라인은 기대값이 아닙니다. 그래서 우리는 헤드라인 총액이 아니라 업프론트 비율로 딜의 질을 읽습니다. 업프론트는 확정 현금이라, 협상력의 가장 깨끗한 대리지표입니다.

이 렌즈로 보면 슈뢰딩거의 협상력이 시간에 걸쳐 재평가된 것이 드러납니다. 초기 BMS 딜(2020)에서 업프론트는 $55M, 최대 마일스톤은 $2.7B로, 업프론트 비율은 2%에 그쳤습니다. 확정 현금을 거의 받지 못한 셈입니다. 4년 뒤 Novartis 딜(2024)에서는 업프론트가 $150M, 최대 마일스톤이 $2.3B로, 업프론트 비율이 6.6%까지 뛰었습니다.

협업 딜 업프론트 비율의 재평가
업프론트 / 최대 마일스톤. 확정 현금 비중이 곧 협상력
2.04%
6.61%
BMS (2020)
Novartis (2024)

4년 사이 업프론트 비율이 세 배 넘게 재평가됐습니다. 참고로 순수 인공지능 예측사가 통상 확보하는 업프론트 비율은 한 자릿수 초반대(약 2.6~3.1%)로, Novartis 조건의 절반 수준입니다.

출처: BMS 2020 협업 PR / Novartis 2024 협업 PR

이는 검증된 발굴 정밀도, 3년 소프트웨어 확장 번들, 공동투자 의향이 결합해 프리미엄 조건을 끌어낸 결과입니다. 이 Novartis 업프론트 비율은 순수 인공지능 예측사들이 통상 확보하는 업프론트 비율(대개 한 자릿수 초반대)을 크게 상회합니다. 구조 기반 곡괭이가 순수 인공지능 예측사보다 나은 현금 선지급을 끌어냈다는 신호입니다.

여기서 혁신가의 반박도 방어합니다. "인공지능 네이티브 발굴이 구조 없이 히트를 내면 물리기반 곡괭이의 프리미엄은 시한부 아닌가"라는 지적입니다. 현재까지의 딜 조건은 슈뢰딩거가 앞서 있음을 보여주지만, 이 우위는 영구적이지 않습니다. 인공지능 네이티브 발굴이 제3자 검증으로 동등 이상의 히트율을 입증하면 이 프리미엄은 깎입니다. 이 위협의 기술적 깊이는 해자 장에서 별도로 다룹니다.

남의 광산 지분, 반복되는 지분회수 엔진

세 번째 갈래가 가장 독특합니다. 슈뢰딩거는 자기 곡괭이로 캐는 다른 광부(바이오텍)를 공동창업하거나 씨를 뿌리고, 그 지분을 들고 있습니다. 그 광부가 대형 제약사에 팔리면, 지분만큼 현금을 회수합니다.

실제 트랙 레코드가 쌓여 있습니다. Nimbus(2023)는 TYK2 프로그램이 Takeda에 인수되면서 슈뢰딩거가 $147M를 회수했습니다(2023년 2월 초기 분배에 같은 해 2분기 추가 분배가 더해진 총액으로, 초기 분배 공시에 총액이 함께 명시됨). 슈뢰딩거 최대 규모의 단일 현금 실현입니다. Morphic(2024)은 Eli Lilly에 인수되며 $48M를 회수하고 로열티 꼬리를 남겼습니다. Ajax(2026)는 Eli Lilly가 인수를 발표했고, 슈뢰딩거 지분은 5.8%입니다. 아직 종결 전이라 실현액은 미정입니다.

지분회수 케이던스, 3년 3건
2023
Nimbus $147.3M
Takeda 인수, 실현 (최대 단일 실현)
2024
Morphic $47.6M
Eli Lilly 인수, 실현 + 로열티 꼬리
2026
Ajax (지분 5.8%)
Eli Lilly 인수 발표, 진행 중

3년에 세 건, 인수 이벤트가 이어졌다는 점에서 이건 요행이 아니라 엔진에 가깝습니다. 공동창업·시드 포트폴리오가 각각 골을 노리는 슛이고, 그중 일부가 들어가는 구조입니다. 대차대조표에 남은 장기 지분투자 공정가치는 FY2025 말 $74M였고, 분기 시가 변동으로 Q1 2026에는 $40M로 내려앉았습니다. 마크 변동성이 큽니다.

단, 이 엔진에는 세 가지 구조적 한계가 있습니다.

지분회수 엔진의 세 가지 구조적 한계

일회성입니다: 지분회수는 반복되는 매출 흐름이 아니라 인수 이벤트에 물린 점 실현입니다. 예측성이 낮습니다.

외생 변수에 의존합니다: 각 실현은 대형 제약사라는 인수자가 나타나야 성립합니다. 슈뢰딩거가 통제할 수 없는 인수합병 시장에 걸려 있습니다.

회계상 영업 밖입니다: 이 현금은 영업 매출이 아니라 기타수익으로 잡힙니다. 그래서 성장 배수를 붙여 자본화하면 과대평가가 됩니다.

곡괭이 장수의 딜레마, 곡괭이는 채굴자가 아니다

곡괭이 장사는 고마진 현금 사업이고, 채굴은 돈을 태우는 사업입니다. 슈뢰딩거는 곡괭이가 번 현금을 자체 광산에 붓고 있고, 캐낸 금의 상당 부분은 로열티가 아니라 일회성 지분회수로만 회수됩니다. 이 두 가지가 파이프라인 옵션의 그림자입니다.

채굴은 돈을 태운다

파이프라인을 "공짜로 딸려오는 보너스"로만 보면 절반만 본 것입니다. 자체 채굴에는 큰 비용이 듭니다. 슈뢰딩거의 연결 연구개발비는 FY2023 $182M, FY2024 $202M, FY2025 $173M였습니다. 이 수치는 소프트웨어 플랫폼 개발과 자체 파이프라인 임상이 함께 잡힌 연결 R&D라, 전액이 파이프라인 burn은 아닙니다. 다만 그 상당 부분이 파이프라인으로 흘러가고, 반면 신약 세그먼트가 실제로 벌어들인 매출은 FY2025 $56M에 그쳤습니다.

태우는 돈 vs 버는 돈
연결 R&D(상당 부분이 파이프라인)가 신약 세그먼트 매출을 크게 웃돕니다
연결 연구개발비
$181.8M
$201.8M
$173.1M
상당 부분이 파이프라인으로 흐르는 연결 R&D
신약 세그먼트 매출
$57.5M
$27.2M
$56.4M
FY2023
FY2024
FY2025

연결 R&D에는 소프트웨어 플랫폼 개발분도 포함됩니다. 전액이 파이프라인 burn은 아니지만, 상당 부분이 파이프라인으로 흐르며 이는 신약 세그먼트 매출을 크게 웃돕니다.

출처: FY2024 실적발표 PR / FY2025 실적발표 PR

이게 슈뢰딩거 손익의 핵심 구조입니다. 곡괭이(소프트웨어)가 만든 고마진 현금을, 광산(자체 임상)이 태우고 있습니다. 회사도 이를 인식해 FY2026부터 임상을 축소하고 연구개발비를 줄이겠다고 밝혔습니다. 재무 구조의 상세는 재무 장에서 다룹니다.

캐낸 금이 새어 나간다

두 번째 그림자는 누수입니다. 곡괭이는 광맥을 잘 찾고 파트너를 끌지만, 캐낸 금을 오래 붙잡지 못합니다. 가장 선명한 사례가 앞서 본 TYK2 자산입니다.

슈뢰딩거의 가장 큰 임상 성공이, 슈뢰딩거에게는 미래 현금이 아니다

TYK2 억제제(zasocitinib)는 Phase 3에서 승인 약물을 이기는 최대 임상 성공을 거뒀습니다. 그러나 슈뢰딩거에는 미래 로열티나 마일스톤이 남지 않았습니다. 지분회수로 이미 정산이 끝났기 때문입니다.

즉 슈뢰딩거의 가장 큰 임상 성공 자산이, 슈뢰딩거에게는 미래 현금이 아니라 레퍼런스로만 남습니다.

이것이 이 파이프라인의 구조적 성격입니다. 가치 포착이 장기 로열티 스트림이 아니라 일회성 지분회수에 편중돼 있어, 반복성과 예측성이 약합니다.

그래서 곡괭이는 채굴자가 아니다

여기서 단순함 신봉자의 반박에 답합니다. "왜 세 갈래니 옵션이니 복잡하게 나누나, 그냥 소프트웨어 회사가 부업으로 신약한다고 하면 되지 않나"라는 지적입니다. 나눠야 하는 이유는 분명합니다. 세 갈래는 각기 다른 방식으로 현금이 되고(자체는 라이선스, 협업은 마일스톤, 지분은 인수 대금), 각기 다른 위험을 지기 때문입니다. 뭉뚱그리면 일회성 지분회수를 성장 매출로 착각하거나, 먼 미래의 조건부 마일스톤을 확정 현금으로 셈하게 됩니다.

정리하면, 곡괭이와 채굴은 다른 사업입니다.

곡괭이(소프트웨어)의 가치

결합 예측 정밀도에서 나온다

대형 제약사 20곳이 모두 사 쓴다는 사실로 검증

고마진 현금 사업

채굴(파이프라인)의 가치

임상 성공이라는 별개의 사건에 달려 있다

곡괭이의 정밀도가 그 성공을 보장하지 않는다

실질 비용(R&D)과 구조적 누수를 안고 가는 옵션

그래서 파이프라인은 "확정된 잭팟"도 아니고 "순수한 낭비"도 아닙니다. 실질 비용(연구개발 부담)과 구조적 누수(일회성 회수 편중)를 안고 가는 비대칭 옵션입니다. 이 옵션에 시장이 얼마를 매기고 있는지, 그리고 얼마가 적정한지는 밸류에이션 장이 정량으로 다룹니다.

이 옵션의 생사를 가르는 관문

이 장은 주가나 적정가를 계산하지 않습니다. 대신 투자자가 이 옵션의 생사를 추적할 관문을 짚습니다. 신약 옵션은 이진(binary)입니다. 임상 데이터 하나가 옵션을 살리거나 없앱니다.

파이프라인 옵션의 생사를 채점하는 관문
관문무엇을 보는가옵션에 주는 함의
관문 1. SGR-1505 WM Phase 2좁지만 선명한 니치(WM)의 반응이 소규모 Phase 1을 넘어 유지되는가실패 시 자체 대표 자산 손상. WM 전원 반응은 아직 소수 사례
관문 2. 외부 최강 옵션 Phase 3Structure Therapeutics가 슈뢰딩거 소프트웨어로 설계한 경구 GLP-1 비만 치료제 aleniglipron(현재 Phase 2, 소프트웨어 설계 자산 중 가장 진전된 후기 임상)이 통제된 대규모 Phase 3 시험을 통과하는가정산이 끝난 zasocitinib과 달리 가치가 아직 남은 살아있는 최강 옵션. 실패 시 이 옵션 소멸 + 물리기반 = 승자 서사 타격
관문 3. 안전성 추가 신호자체 자산에서 두 번째 치료 관련 사망·중단이 나오는가단 1건 추가로 곡괭이가 안전성을 못 본다는 패턴이 확정됨
관문 4. 발굴 우위의 범용화인공지능 네이티브 발굴이 제3자 검증으로 동등 히트율을 입증하는가물리기반 곡괭이의 프리미엄이 상품화됨

두 개의 핵심 임상 관문(관문 1·2)이 이 세그먼트 옵션가치의 생사를 쥐고 있습니다.

두 개의 핵심 임상 관문(관문 1·2)이 이 세그먼트 옵션가치의 생사를 쥐고 있습니다. 둘 다 통과하면 파이프라인 옵션은 실재하는 업사이드가 되고, 둘 다 실패하면 이 세그먼트는 곡괭이가 번 현금을 태우는 적자 견인차로만 남습니다.

슈뢰딩거의 파이프라인은 곡괭이(소프트웨어)와 다른 사업이며, 곡괭이의 정밀도가 채굴의 성공을 보장하지 않습니다. 그것은 실질 비용(연구개발 부담)과 구조적 누수(일회성 회수 편중)를 안고 가는 비대칭 옵션이고, 그 옵션의 실재 여부는 위 관문들이 채점합니다.

곡괭이(소프트웨어)와 복권(파이프라인)이라는 두 얼굴을 우리가 이렇게 나눠 봤다면, 시장은 이 회사를 통째로 어떻게 값매길까요. 흥미롭게도 월가조차 슈뢰딩거가 소프트웨어 회사인지 바이오텍인지 합의하지 못합니다. 우리 계산을 꺼내기 전에, 시장의 시선부터 정리합니다.

4. 월가는 슈뢰딩거를 소프트웨어로 보는가, 바이오텍으로 보는가

월가 애널리스트 9명이 슈뢰딩거를 커버합니다. 매수 4명, 보유 4명, 매도 1명로 매수와 보유가 정확히 반반이고, 평균 목표가는 $20.25, 범위는 $13.00에서 $25.00까지입니다. 팔란티어의 목표가 편차가 "몇 년을 보느냐"에서 나왔다면, 슈뢰딩거의 편차는 더 근본적인 질문에서 나옵니다. 이 회사는 소프트웨어 회사인가, 신약발굴 파이프라인을 품은 바이오텍인가. 게다가 슈뢰딩거는 손실 기업이라 P/E를 쓸 수 없어, 모든 애널리스트가 매출·계약 배수 하나로 목표가를 계산합니다. 그런데 그 매출조차 회계상으로는 줄어드는 중입니다. 적정가를 계산하기 전에, 시장이 이 회사를 어떤 렌즈로 보는지부터 정리하는 것이 이 장의 목적입니다. 본 내용은 투자 자문이 아니며, 모든 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다.

커버리지 현황: 아홉 명, 갈라진 절반, 하향의 물결

증권사 분석은 "정답"이 아니라 "시장의 전제"입니다. 슈뢰딩거가 특별한 이유는 커버가 얇다는 데(9명) 있지 않습니다. 의견이 정확히 반으로 갈렸다는 데 있습니다. 매수 4명, 보유 4명. 엔비디아가 대부분 매수, 팔란티어가 매수 우위인 것과 달리, 슈뢰딩거는 확신이 유보된 커버리지입니다.

레이팅 분포 (MarketBeat 9명 패널)
컨센
매수 4명44.4%
보유 4명44.4%
매도 1명11.1%

출처: MarketBeat 9명 기준. StockAnalysis 최신 커버리지(7명)로는 매수 5·보유 2로 집계 방식에 따라 다르다. 매도 1건은 전통 sell-side가 아니라 독립 등급사(Weiss Ratings)의 알고리즘 등급이다.

왜 이렇게 갈릴까요. 엔비디아나 팔란티어와 달리 슈뢰딩거는 비즈니스 정체성 자체가 합의되지 않았기 때문입니다. 목표가 범위를 보면 그 분열이 숫자로 드러납니다. 평균은 $20.25, 주류 범위는 $13.00(UBS Hold)에서 $25.00(Barclays·BMO)까지입니다. 편차 배율은 1.9배로 팔란티어보다는 좁지만, 그 안에 "소프트웨어 배수만 보는 시선"과 "파이프라인 옵션가치를 더하는 시선"이 섞여 있습니다.

목표가 범위와 현재가
$13
$16.88
$20.25
$25
최저 (UBS)
현재가
평균
최고 (Barclays)

현재가 $16.88 대비 평균 목표가는 상방을 남기지만, 최저 $13은 현재가를 하회한다. StockAnalysis 최고 $30·Piper의 구버전 $45(16개월 경과)는 이상치로 배제했다.

출처: MarketBeat 9명

한 가지 성격 차이를 미리 짚습니다. 여기 앵커한 애널리스트 최고 목표가($25)는 12개월 시계의 목표가입니다. 반면 뒤 밸류에이션 장에서 제시하는 우리 bull 적정가는 시나리오 상단, 곧 낙관 시나리오가 실현됐을 때 도달하는 값이라 시계와 전제가 다릅니다. 그래서 우리 bull이 배제한 이상치(StockAnalysis $30)보다 높더라도 애널리스트 목표가와 직접 비교할 대상이 아닙니다. 뒤에서 우리가 애널리스트 평균과 겹친다고 말하는 교차검증은 base·확률가중 기준이지 bull 기준이 아닙니다.

팔란티어의 2026년이 "업그레이드의 물결"이었다면, 슈뢰딩거는 정반대입니다. 지난 반년의 커버리지는 하향으로 줄을 이었고, 이것이 이 종목 고유의 서사입니다. Hosted 전환으로 회계 매출이 꺾이는 국면이 애널리스트 눈높이를 끌어내렸습니다.

최근 레이팅·목표가 변경 이력 (하향의 물결)
날짜기관등급 유지·변경목표가 방향
2026-06-30Craig-Hallum매수긍정 개시·유지
2026-05-14Morgan StanleyEqual Weight 유지목표가 하향
2026-04-13KeyBancOverweight 유지목표가 하향
2026-04Bank of America매수 유지목표가 하향
2026-03-17UBSHold 유지목표가 하향 (주류 최저)
2025-08-15Citigroup매수 → 중립 강등목표가 대폭 하향
2025-08-14BarclaysOverweight 신규 개시긍정

목표가 리터럴은 개별 하우스 노드 미보유로 방향만 표기. 범위 양끝은 최저 $13(UBS)·최고 $25(Barclays)로 앵커. 지난 반년 상향은 손에 꼽고 하향이 줄을 이었다.

출처: MarketBeat·StockAnalysis·WallStreetZen (as-of 2026-07-04)

커버리지는 얇고(아홉 명), 의견은 반으로 갈리며, 최근 흐름은 하향입니다. 그러나 하향의 이유가 "비즈니스 악화"인지 "회계 착시"인지는 이 절이 답하지 못합니다. 그 답은 아래 핵심 가정에 있습니다.

핵심 가정: 매출은 줄고 계약은 는다

컨센서스 FY2026E 매출은 전년 대비 -8.3%로, 사실상 역성장입니다. 그런데 회사의 계약가치(ACV) 가이던스는 두 자릿수 성장입니다. 같은 회사에서 매출은 줄고 계약은 느는 이 역설이, 슈뢰딩거 컨센서스의 가장 중요한 전제입니다.

FY별 매출 컨센서스 (FY2025 실적 → 향후 3개년)
항목FY2025 (실적)FY2026EFY2027EFY2028E
총매출$256M$235M$270M$327M
YoY 성장률기준-8.3%미집계미집계

FY2026E는 StockAnalysis 8명 컨센. FY2027E·FY2028E는 WallStreetZen 단일 출처(10명)로 교차검증이 미완이라 밸류에이션 장에서 재검증한다.

출처: StockAnalysis·WallStreetZen

역성장을 만든 원인은 둘입니다. 첫째는 Hosted 전환입니다. 슈뢰딩거는 소프트웨어를 온프레미스 라이선스에서 클라우드(Hosted)로 옮기는 중이고, Hosted 비중은 FY2025 23%에서 Q1 2026 34%로 급증했습니다. 온프레미스는 계약 시점에 매출을 앞당겨 인식하지만 Hosted는 기간에 걸쳐 나눠 인식합니다. 그래서 계약(ACV)은 늘어도 당장의 GAAP 매출은 꺾입니다.

둘째는 신약발굴의 평균회귀입니다. FY2025 신약발굴 매출 $56M(YoY 107.4%)은 노바티스 대형 협업의 일회성 선불금 인식이 얹혀 부풀려진 기저였고, FY2026E는 이 높은 기저에서 평균으로 되돌아옵니다. 즉 역성장의 일부는 회계 착시가 아니라 일회성 기저의 소멸입니다. 이 지점이 "슈뢰딩거는 그냥 순수 SaaS다"라는 시각을 흔듭니다. 순수 SaaS라면 매출과 계약이 같이 움직여야 하는데, 여기서는 둘이 반대로 갑니다.

그래서 애널리스트들은 회계 매출 대신 계약가치(ACV)를 진짜 지표로 봅니다. 그런데 그 ACV에도 함정이 있습니다.

ACV 추이와 FY2026 가이던스
$190.8M
+4.0%
$198.5M
+10~15%
$223M
FY2024
FY2025
FY2026E 가이드

출처: 회사 FY2026 ACV 가이던스 중간값 $223M(범위 $218~228M). FY2025 성장률 +4.0%는 이미 눈에 띄게 둔화된 값이다.

함정은 이것입니다. 회계 매출이 아닌 ACV로 보면 성장 서사가 유지되지만, FY2025 ACV 성장 4%는 이미 눈에 띄게 둔화된 값입니다. 애널리스트들은 "GAAP 매출은 착시니 ACV를 보라"고 하면서도, 그 ACV마저 감속 중이라는 점은 대체로 언급하지 않습니다. 이 감속이 침투 포화 때문인지 일시적인지는 뒤의 사각지대에서 다시 다룹니다.

문제를 더 어렵게 만드는 것은 슈뢰딩거의 매출이 성격이 정반대인 두 세그먼트에서 나온다는 점입니다.

세그먼트의 두 얼굴: 안정 vs 널뜀
세그먼트FY2024 성장FY2025 성장성격
Software13.4%10.6%안정·예측 가능
Drug Discovery-52.7%107.4%마일스톤 의존·널뜀

Software는 완만하게 감속하지만 예측 가능하고, Drug Discovery는 마일스톤·선불금 인식 시점에 따라 반 토막에서 두 배로 널뛴다. 두 세그먼트를 하나의 매출 배수로 평가하면 반드시 한쪽을 오해한다.

마지막으로 가이던스 구조 자체가 다릅니다. 슈뢰딩거는 ACV와 신약발굴 매출 가이던스는 주지만, EPS 가이던스는 주지 않습니다. 손실 기업이고 지분평가이익 등 비영업 손익 변동이 커서 EPS 안내가 무의미하기 때문입니다.

슈뢰딩거: 계약 가이던스, EPS는 없음

ACV 가이던스 제공 (+10~15%)

Drug Discovery 매출 가이던스 제공

R&D 절감 가이던스 제공

EPS 가이던스 없음 (손실 + 지분평가이익 변동)

시장 게임: 언제 손실 탈출 + 매출을 무엇으로 셀까

팔란티어형: 정밀 실적 게임

분기 매출·EPS 가이던스 제공

연속 가이던스 Beat 게임

매 분기 가이던스 상향

이익 기반이라 P/E 성립

시장 게임: 가이던스 대비 얼마나 이기나

시장은 슈뢰딩거의 회계 매출이 잠시 꺾이되 계약은 는다고 전제합니다. 문제는 애널리스트마다 이 전제를 매출로 셀지 ACV로 셀지가 다르다는 것이고, 그 차이가 곧 목표가 배수의 차이로 이어집니다.

밸류에이션 방법론: P/E가 불가능한 회사를 재는 법

슈뢰딩거는 손실 기업이라 P/E를 쓸 수 없습니다. 그래서 모든 애널리스트가 EV/Sales, EV/ACV, 혹은 부분합(SOTP)으로 목표가를 만듭니다. 팔란티어의 분열이 "몇 년을 보느냐(기준 연도)"였다면, 슈뢰딩거의 분열은 "무엇을 분모로 놓느냐(정체성)"입니다.

슈뢰딩거 현재 배수 스냅샷
지표함의
EV/Sales (TTM·연결)3.8손실 기업이라 P/E 불가, 매출 배수로 평가
P/S (TTM)5참고 배수
영업이익률 (FY2025)-65.2%적자 지속
희석 EPS (FY2025·GAAP)$-1.41이익 기반 배수 성립 불가

손실 기업에 매출 배수를 쓰는 것 자체는 표준이다. 슈뢰딩거의 특수성은 방법이 아니라 분모 선택에 있다.

여기서 진짜 전쟁이 시작됩니다. 같은 EV/Sales라도 분모를 연결 매출로 놓느냐, 소프트웨어 매출만 놓느냐, ACV로 놓느냐에 따라 배수가 크게 달라집니다. 이것이 두 진영의 렌즈가 갈리는 지점입니다.

소프트웨어 렌즈 진영

생명과학 SW SaaS로 보고 피어 배수 적용

피어 EV/Sales: VEEV 7.26배·DOCS 5.05배·SLP 4.10배·CERT 2.95배

피어 평균 4.84배, SDGR 연결 3.79배는 이를 하회

단, SDGR 분모는 신약발굴 포함 연결 매출

SW 단독으로 좁히면 피어 평균에 근접하거나 웃돔

바이오텍 옵션 렌즈 진영

SW 가치 + 파이프라인 옵션가치 + 순현금 합산

순현금 $292M (금융차입 0)

장기 지분 공정가치 $39.8M (FY2025 $73.7M에서 마크 하락)

소프트웨어 배수만으로 안 잡히는 별도 가치층 존재

파이프라인은 목표가에 '있거나 없거나'로 반영

같은 방법, 다른 분모입니다. 목표가 평균이 내재하는 배수를 역산하면, 연결 매출 기준 EV/Sales는 4.8배(범위 2.7에서 6.2배), 계약가치 기준 EV/ACV는 5.5배입니다. 즉 시장은 슈뢰딩거를 현재 3.8배에서 목표가 기준 4.8배로 리레이팅될 회사로 봅니다. 그 프리미엄이 "소프트웨어 성장 회복" 때문인지 "파이프라인 옵션가치" 때문인지는 리포트마다 다릅니다.

이 배수를 회사의 크기로 번역하면 그림이 더 선명해집니다.

목표가가 내재하는 회사의 크기 (현재 vs 평균 목표가)
구분현재평균 목표가 내재
시가총액$1.3B$1.5B
EV$969M$1.2B
EV/Sales3.84.8
EV/ACV미집계5.5

컨센서스 EPS가 내내 적자인데도 목표가가 현재가를 웃도는 이유는, 애널리스트들이 이익이 아니라 매출·계약 배수의 리레이팅에 베팅하기 때문이다. 이익 경로를 우회한 이 베팅의 취약점은 뒤의 사각지대에서 다룬다.

슈뢰딩거의 목표가 편차는 배수의 높낮이가 아니라 분모의 선택에서 옵니다. 소프트웨어 단독 매출을 분모로 놓으면 피어 평균 4.8배 근처, 여기에 파이프라인 옵션가치를 더하면 그 위입니다. 반대로 신약발굴까지 뭉뚱그린 연결 매출을 분모로 쓰면 배수는 그보다 낮게 잡힙니다. 이 분모 선택이 $13.00에서 $25.00의 폭을 만듭니다.

Bull vs Bear: 해자는 인정, 파이프라인과 감속에서 갈린다

양쪽 모두 소프트웨어 해자의 질은 인정합니다. 갈라지는 것은 "이 해자가 다시 가속하는가"와 "파이프라인이 자산인가 현금 소각기인가"입니다.

Bull Case는 "독점 해자 + 파이프라인 옵션"입니다. 먼저 침투가 끝났습니다. 글로벌 Top 20 제약사 침투율은 100%로 20곳 전원이 고객입니다. 전환비용도 높습니다. Gross Dollar Retention이 96%로 한 번 도입한 고객이 거의 이탈하지 않습니다. 계약 성장도 유지됩니다. FY2026E ACV 가이던스는 $218M에서 $228M로 두 자릿수 성장을 안내합니다. 여기에 파이프라인 옵션가치가 얹힙니다. Novartis·BMS 같은 대형 협업, 그리고 Nimbus·Morphic 지분회수로 실현된 대규모 현금이 그것입니다(구체 금액은 파이프라인 옵션 분석에서 정량화). 장기 지분투자 공정가치도 Q1 2026 기준 $40M가 남아 있습니다(FY2025 $74M에서 마크 하락, 변동성 큼). 마지막으로 현금 여력입니다. 순현금 $292M에 전통 금융차입은 0으로, 손실을 버틸 활주로가 충분합니다. 대표 Bull은 BMO·Barclays로 목표가 $25.00 부근을 제시합니다.

Bear Case는 "감속 + 손실 + 좌초"입니다. 우선 계약이 감속하고 있습니다. FY2025 ACV 성장률은 4%로 이미 둔화됐고, Top 20 침투가 끝나 신규 확장 여지가 줄었을 수 있습니다. 회계 매출은 아예 역성장입니다. FY2026E 컨센서스는 -8.3%로, Hosted 전환 착시라 해도 헤드라인 숫자는 마이너스입니다. 손실도 끝나지 않았습니다. FY2025 영업이익률은 -65.2%, 영업손실은 $-167M입니다. FCF는 FY2025에 겨우 $13M(마진 4.9%)로 흑자 전환했지만, 이는 Novartis 대형 선불금의 이연 효과가 커서 유기적 흑자로 보기 어렵습니다. 마지막은 임상 좌초 위험입니다. 자체 파이프라인은 임상 초기에 몰려 있고, 한 프로그램은 개발이 중단됐습니다. 파이프라인 옵션가치는 언제든 0이 될 수 있습니다. 대표 Bear는 UBS로 목표가 $13.00, 현재가를 하회합니다.

Bull: 독점 해자 + 파이프라인 옵션

Top 20 제약사 전원이 고객 (침투 완결)

높은 유지율, 낮은 이탈 (전환비용)

두 자릿수 ACV 가이던스 (계약 성장 유지)

협업·지분회수로 반복 실현된 파이프라인 현금

순현금 여유 + 금융차입 0 (긴 활주로)

Bear: 감속 + 손실 + 좌초

ACV 성장 이미 둔화 (침투 포화 의심)

회계 매출 역성장 (헤드라인 마이너스)

끝나지 않는 영업손실

FY2025 흑자는 선불금 이연 효과 (비유기적)

임상 초기 집중 + 개발 중단 이력 (좌초 위험)

두 진영이 정면으로 부딪히는 질문들은 아직 증권사 리포트가 정량적으로 답하지 않은 채 남아 있습니다.

아직 해결되지 않은 질문
질문Bull의 답Bear의 답해소 시점
ACV 감속은 일시적인가 구조적인가Hosted 전환 과도기, 곧 재가속Top 20 침투 포화, 성장 천장FY2026 ACV 실적
회계 매출은 언제 정상화되나2028년 Hosted 75% 도달 후 정상 성장정상화 시점·기울기 모두 불확실FY2027~FY2028 매출
파이프라인은 자산인가 소각기인가Nimbus·Morphic처럼 반복 실현임상 초기·좌초 이력, 확률 낮음자체 Phase 1 데이터
유기적 흑자는 가능한가R&D 축소 + 계약 성장으로 도달FY2025 흑자는 선불금 효과FY2026~FY2027 FCF
이 회사를 무엇으로 평가해야 하나소프트웨어 + 파이프라인 SOTP결국 손실 나는 매출 배수 하나밸류에이션 방법론 수렴

Bull과 Bear는 소프트웨어 해자의 질에는 동의한다. 갈리는 것은 감속이 끝나는가와 파이프라인에 값을 매길 수 있는가다.

Bull과 Bear는 소프트웨어 해자의 질에는 동의합니다. 그러나 "감속이 끝나는가"와 "파이프라인에 값을 매길 수 있는가"에서 갈립니다. 이 두 질문은 증권사 리포트가 정량적으로 답하지 않은 채 남아 있습니다.

사각지대: 증권사가 답하지 않는 질문들

아홉 명이 만든 평균 목표가 $20.25에는 구조적 사각지대가 있습니다. 손실 기업을 매출 배수 하나로 재면서, 정작 그 매출이 두 개의 이질적 사업에서 나온다는 사실과 파이프라인에 값을 매기지 않았다는 사실입니다.

증권사 분석의 사각지대
사각지대현황영향
부분합(SOTP)의 부재예측 가능한 소프트웨어와 널뛰는 신약발굴이 한 몸인데, 대부분의 리포트는 연결 매출에 배수 하나를 곱한다. 두 사업을 나눠 더한 제대로 된 SOTP는 공개 리포트에서 찾기 어렵다성격이 정반대라 뭉뚱그린 배수는 반드시 한쪽을 오해
파이프라인 옵션가치 미정량화Nimbus·Morphic 지분회수가 반복 가능한지, 협업 마일스톤의 확률조정 가치가 얼마인지, 임상 좌초 확률을 반영한 순가치가 얼마인지 정량화한 증권사가 없다파이프라인은 목표가에 '있거나 없거나'로만 반영
ACV 감속의 원인 미분해FY2025 ACV 성장 4%가 침투 포화(구조적)인지 전환 과도기(일시적)인지 분해한 리포트가 없다이 구분이 밸류에이션을 크게 가름
Hosted 정상화 매출 미추정회계 매출 역성장 -8.3%가 언제 끝나고 어떤 기울기로 정상 성장에 복귀하는지 추정한 증권사가 없다손실 기업 밸류는 이익 시점에 달렸는데 그 경로가 공백

증권사가 무능해서가 아니라 손실 기업을 1~2페이지 리포트에 압축하는 형식의 한계에서 비롯된다.

개인 투자자가 슈뢰딩거의 목표가를 볼 때 "이 숫자는 소프트웨어만 본 것인가, 파이프라인을 더한 것인가", "매출을 GAAP로 셌는가 ACV로 셌는가"를 스스로 물어야 하는 이유입니다.

밸류에이션 장에서는 슈뢰딩거를 소프트웨어와 파이프라인으로 나눠 부분합으로 평가하고, ACV 감속과 Hosted 정상화 경로를 정량화해 이 네 가지 사각지대를 채웁니다. 증권사가 뭉뚱그린 매출 배수 하나로 본 것을, 우리는 분모를 나눠 다시 봅니다.

시장은 이미 하향을 값에 넣기 시작했습니다. 그 하향이 "비즈니스 악화"라면 밸류의 bear, "회계 착시"라면 base·bull입니다. 그 판별을 밸류에이션 장이 부분합 시나리오로 인계합니다.
증권사 컨센서스, 한 문장으로

월가 9명(매수 4명·보유 4명·매도 1명)은 평균 목표가 $20.25(범위 $13.00~$25.00, 편차 1.9배)에 모여 있습니다. 손실 기업이라 P/E를 못 쓰고, 현재 EV/Sales 3.8배에서 목표가 내재 4.8배로의 리레이팅에 베팅합니다. 핵심 분열은 하나입니다. 이 회사를 소프트웨어 회사로(피어 평균 4.8배) 볼지, 순현금 $292M와 파이프라인을 더한 바이오텍으로 볼지입니다.

증권사들은 이 회사를 소프트웨어로 볼지 바이오텍으로 볼지, 하나의 분모를 두고 갈라져 싸웁니다. 우리는 그 싸움을 다르게 풉니다. 회사를 성격이 다른 네 조각으로 갈라, 조각마다 제 분모로 값을 매기고 더합니다(SOTP). 그러면 하나의 크럭스가 드러납니다. 지금 시장이 매긴 기업가치가 사실상 곡괭이값 하나와 거의 같다는 것입니다.

5. 밸류에이션: 곡괭이값만 받은 회사, 나라면 얼마에 인수할까?

슈뢰딩거는 이상한 자리에 서 있습니다. 물리학 기반 분자 시뮬레이션으로 글로벌 Top20 제약사 전원을 고객으로 둔 고마진 소프트웨어 회사이면서, 동시에 매년 대규모 적자를 내는 신약 개발사입니다. 이익이 음수라 가장 흔한 잣대인 P/E가 아예 성립하지 않습니다. 그래서 우리는 이 회사를 성격이 전혀 다른 네 조각으로 분해해, 조각마다 알맞은 잣대로 값을 매기고 합칩니다. 이것이 부분의 합, SOTP(Sum-of-the-Parts)입니다.

네 조각은 이렇습니다. 첫째는 곡괭이 장사인 소프트웨어입니다(L1). 예측 가능한 구독 사업이라 계약가치(forward ACV) $223M에 EV/ACV 4.5배를 매겨 사업가치를 $1B로 봅니다. 둘째는 자체·협업 신약 파이프라인이라는 복권입니다(L2). 헤드라인 마일스톤은 크지만 대부분 초기 단계라, 확률조정한 옵션가치 $150M만 보수적으로 인정합니다. 셋째는 공동창업사 지분($50M), 넷째는 순현금($292M)입니다. 네 조각을 더한 주주가치 $1.5B를 발행주식수 74.7M주로 나누면 base 적정가 $20.01, bear $13.01, bull $32.90, 확률가중 $21.13이 나옵니다.

그런데 이 회사의 진짜 크럭스는 계산 결과가 아니라 하나의 관계에 있습니다. 시장이 지금 매긴 기업가치($969M)는, 우리가 계산한 소프트웨어 사업가치($1B) 하나와 거의 같습니다. 즉 시장은 이 회사의 기업가치 대부분을 소프트웨어 하나로 설명하고 있고, 소프트웨어와 파이프라인에 각각 얼마를 배분했는지는 관측되지 않습니다. 이 크럭스가 무엇을 뜻하고 우리 상승여력이 정확히 어디서 나오는지는 아래 크럭스 절에서 해부합니다.

왜 P/E가 아니라 SOTP인가

슈뢰딩거는 순손실 기업입니다. 이익이 음수면 P/E는 정의되지 않습니다. 그래서 우리는 회사를 성격이 다른 네 조각으로 갈라, 조각마다 알맞은 잣대로 값을 매기고 합칩니다. 결국 적정가를 결정하는 것은 단 하나, 소프트웨어에 몇 배의 EV/ACV를 매기느냐입니다.

P/E가 불가능한 이유

일반 종목은 이익(EPS)에 배수(P/E)를 곱해 적정가를 냅니다. 슈뢰딩거는 이 경로가 두 가지 이유로 막혀 있습니다.

이익이 음수입니다. FY2025 영업손실 $-167M, 최근 분기(Q1 2026) 영업손실 $-49M. 음수 이익에 배수를 곱하면 음수 적정가라는 무의미한 값이 나옵니다.

GAAP 순이익은 장사가 아니라 지분 평가에 좌우됩니다. 재무 장이 밝혔듯 FY2025 GAAP 순이익은 기타수익(지분 공정가치 평가) $65M에 크게 흔들립니다. 이 바닥줄에 배수를 매기는 것은 사업이 아니라 지분 시가를 배수화하는 착오입니다.

그래서 우리는 부분의 합(SOTP)으로 우회합니다. 회사를 값매김 성격이 다른 네 조각으로 분해합니다.

SOTP 4레이어

레이어무엇인가값매김 방법산식
L1 소프트웨어 사업예측 가능한 구독 사업매출·계약 배수(EV/ACV)forward ACV × EV/ACV 배수
L2 신약 파이프라인 옵션성패가 불확실한 복권확률조정 옵션가치협업 딜 + 지분회수 + 자체임상
L3 공동창업사 지분상장·비상장 시가 자산공정가치 액면보유 지분 + 실현 프리미엄
L4 순현금현금·단기투자에서 리스 차감장부 액면현금 + 단기투자 - 리스부채

주주가치 = L1 + L2 + L3 + L4. 적정가/주 = 주주가치 ÷ 발행주식수.

레이어마다 잣대가 다른 이유가 있습니다. 소프트웨어는 예측 가능한 구독 사업이라 매출·계약 배수(EV/ACV)가 맞습니다. 파이프라인은 성패가 불확실한 복권이라 배수가 아니라 확률조정 옵션가치로 봐야 합니다. 성장하는 매출처럼 배수를 곱하면 안 되는데, 신약발굴 매출은 마일스톤 인식 타이밍이라 배수화하면 일시적 타이밍을 영구가치로 오인하기 때문입니다. 지분과 현금은 이미 시가·장부가가 있으니 그대로 더합니다.

방어 · 단순함 신봉자 "네 조각이면 너무 복잡하다, 그냥 매출 배수 하나로 끝내라"는 반론이 가능합니다. 그러나 슈뢰딩거는 성격이 근본적으로 다른 자산이 한 법인에 섞여 있습니다(구독 소프트웨어, 확률형 신약 옵션, 상장·비상장 지분, 현금). 이걸 연결 매출 하나로 뭉뚱그리면 배수가 무엇을 의미하는지 알 수 없게 됩니다. 실제로 증권사 목표가 편차($13.00~$25.00)가 큰 이유가 바로 이 뭉뚱그리기에서 옵니다(분모를 소프트웨어로 놓느냐 연결 매출로 놓느냐). SOTP는 복잡해지려는 게 아니라, 이 편차의 원인을 조각별로 분리해 없애려는 것입니다. 대신 조각 수를 넷으로 묶어 최소화했습니다(세부 파이프라인 12개 프로그램을 하나의 옵션 레이어로 집약).

지금 시장은 이 회사를 무엇으로 값매기고 있나

계산에 들어가기 전, 시장의 현재 프라이싱을 읽습니다. 이것이 우리 결론의 대조군입니다.

항목의미
시가총액$1.3B발행주식수 반영
기업가치(EV)$969M시총 + 리스부채 - 현금·단기투자
순현금$292M금융차입 0, 전액 리스부채만
EV/Sales (TTM, 연결)3.8손실 기업이라 P/E 대신 매출 배수
P/S (TTM)5참고

시장 프라이싱 스냅샷. 핵심은 EV와 우리 소프트웨어값의 관계.

출처: StockAnalysis

핵심은 마지막 줄이 아니라 EV와 우리 소프트웨어값의 관계입니다. 시장 기업가치 $969M는, 아래에서 계산할 우리 base 소프트웨어 사업가치 $1B와 거의 같은 크기입니다. 이 한 줄이 이 회사 밸류에이션의 크럭스이며, 뒤 적정가 절에서 다시 정면으로 다룹니다.

L1 소프트웨어 EV: 곡괭이 장사는 얼마짜리인가

소프트웨어 사업가치는 "forward ACV × EV/ACV 배수"로 계산합니다. 계약가치는 회사 가이던스 중간값 $223M, 배수는 4.5배입니다. 배수를 이 자리에 놓은 이유는 셋입니다. 마진은 순수 SaaS 상단(Veeva 75%)에 근접하지만, 성장은 둔화(+4%)했고, AI 신약설계의 국지 위협이 남아 있기 때문입니다. 고마진 프리미엄과 저성장 디스카운트가 상쇄되어 착지합니다.

계산 구조

단계내용산출
Step 1forward ACV 확정회사 FY2026 가이던스 $218M~$228M, 중간값 $223M
Step 2EV/ACV 배수 확정3중 검증(피어·SaaS 밴드·품질 프리미엄)으로 base 4.5
Step 3소프트웨어 EVforward ACV × 배수

소프트웨어 EV 계산 3단계.

우리가 매출(GAAP revenue)이 아니라 ACV(연간계약가치)를 분모로 쓰는 이유는 재무 장이 밝힌 착시 때문입니다. 슈뢰딩거는 온프레미스에서 클라우드(Hosted)로 판매를 옮기는 중이라(Hosted 비중 FY2025 23% → Q1 2026 34%, 회사 2028 목표 75%), GAAP 매출 인식이 뒤로 밀려 회계 매출이 일시 눌립니다. 계약의 실제 크기는 ACV가 더 정확히 보여줍니다.

Step 1: forward ACV

지표근거
ACV FY2024$191M공시(총 ACV, 상업+아카데믹)
ACV FY2025$199M공시. YoY +4% (성장 둔화)
회사 FY2026 가이던스$218M~$228M+10~15% YoY
base forward ACV$223M가이던스 중간값 $223M 채택

base forward ACV = 회사 가이던스 중간값.

출처: Schrödinger 실적발표

base forward ACV로 회사 가이던스의 중간값을 그대로 씁니다. 자체 낙관·비관을 얹지 않고 회사가 제시한 밴드의 가운데를 base로 삼는 것이 편향을 줄입니다. bear와 bull은 이 밴드의 하단·상단 초과로 뒤에서 벌립니다.

Step 2: EV/ACV 배수 3중 검증

배수 하나가 소프트웨어 값을, 나아가 적정가 전체를 좌우합니다. 그래서 세 잣대로 교차 검증합니다.

검증축기준값base 배수의 위치
① 피어 EV/Sales 평균생명과학 SaaS 4종 평균 4.8배(EV/Sales 기준)기준이 다르다(우리 base는 EV/ACV, 피어는 EV/Sales). 같은 EV/Sales로 환산하면 슈뢰딩거는 마진 프리미엄만큼 피어 평균을 소폭 상회
② SaaS 성장률 밴드10~20% 성장 구간 중앙값 3.1배(EV/Sales)이 밴드 상단. 슈뢰딩거 마진이 밴드 표본보다 월등히 높은 점을 반영
③ 품질 프리미엄 vs 성장 디스카운트소프트웨어 GM 74% vs Veeva 75%마진은 최상위 SaaS급, 성장은 둔화. 프리미엄과 디스카운트가 상쇄

EV/ACV base 배수를 세 축으로 교차 검증. 세 축은 위·아래 비교가 아니라 방향 앵커로만 쓴다.

피어EV/Sales성격
Veeva (VEEV)7.3생명과학 SaaS 대표, 고성장·고마진
Doximity (DOCS)5헬스케어 SaaS
Simulations Plus (SLP)4.1PBPK/ADMET 소형(피인수 예정)
Certara (CERT)3생체시뮬레이션
평균4.8소프트웨어 배수 앵커

생명과학 SaaS 피어 EV/Sales(TTM). 우리 EV/ACV 배수와는 분모가 달라 직접 비교 아님.

출처: StockAnalysis · saasvaluationmultiple.com

먼저 기준을 분명히 합니다. 피어 평균(4.8배)과 SaaS 밴드(3.1배)는 EV/Sales 기준이고 우리 base 4.5배는 EV/ACV 기준이라, 숫자를 나란히 놓아 위·아래를 따질 수 없습니다(분모가 다릅니다). 슈뢰딩거 소프트웨어 EV를 같은 EV/Sales 기준으로 환산하면 오히려 피어 평균을 소폭 웃돕니다. 그래서 세 축은 정확한 위치 비교가 아니라 방향 앵커로만 씁니다. 피어는 슈뢰딩거보다 성장이 빠른 회사들이라 그 EV/Sales를 그대로 이식하면 과대평가고, 저성장 밴드는 마진이 평범한 표본이라 그대로 이식하면 슈뢰딩거의 SaaS급 마진을 과소평가합니다. base 4.5배는 "성장은 느리지만 마진은 최상위급"이라는 질을 반영한 자리이며, 파이프라인 옵션가치를 여기 섞지 않은 순수 소프트웨어 단독 배수임을 분명히 합니다.

방어 · 기존 권위자 "SaaS 배수는 성장률의 함수인데, 성장이 한 자릿수로 둔화(+4%)한 회사에 4.5배는 과하다. 저성장 밴드 3.1배가 맞다"는 정통 반론이 가능합니다. 우리는 이를 두 가지로 방어합니다. 첫째, 저성장 밴드 표본의 매출총이익률은 슈뢰딩거(74%, Veeva 75%에 근접)보다 현저히 낮습니다. 둘째, 유지율이 높습니다(Gross Dollar Retention 96%, Net Dollar Retention은 FY2024 113%에서 FY2025 100%로 둔화했으나 순확장이 마이너스는 아닙니다). 이탈이 적고 마진이 SaaS 최상위급이면, 성장 둔화만으로 최저 밴드를 적용하는 것은 자산의 질을 무시하는 것입니다. 다만 이 반론이 실현되는 세계(성장이 정체하고 유지율이 100 아래로 깨지는 세계)는 우리 bear 시나리오(3배)로 명시 반영합니다.

Step 3: 소프트웨어 EV

시나리오forward ACVEV/ACV 배수소프트웨어 EV
Bear$205M3$615M
Base$223M4.5$1B
Bull$245M6.5$1.6B

시나리오별 소프트웨어 EV = forward ACV × EV/ACV 배수.

base 소프트웨어 EV는 $223M × 4.5배 = $1B입니다. bear는 가이던스 하단·둔화 지속에 저성장 밴드 배수(3배)를 적용하고, bull은 가이던스 상단 초과·재가속에 피어 프리미엄 배수(6.5배)를 적용합니다.

소프트웨어 사업가치 base $1B는 forward ACV $223M에 EV/ACV 4.5배를 매긴 값입니다. 배수는 고마진 프리미엄과 저성장 디스카운트가 상쇄된 자리입니다(피어 평균 4.8배·저성장 밴드 3.1배는 EV/Sales 기준이라 EV/ACV 배수와 직접 비교되지 않으며, 같은 EV/Sales로 환산하면 슈뢰딩거는 마진 프리미엄만큼 피어 평균을 소폭 웃돕니다).

L2 파이프라인 옵션: 얼마짜리 복권인가

파이프라인의 헤드라인 숫자는 큽니다. 노바티스 딜 최대 마일스톤만 $2.3B, BMS $2.7B입니다. 그러나 이 숫자를 그대로 자본화하면 안 됩니다. 대부분 초기 Discovery 단계라 실현 확률이 낮고(먼 미래·낮은 성공률), 자체 임상도 아직 초기 신호(SGR-1505 ORR 22%)에 머뭅니다. 그래서 우리는 헤드라인이 아니라 확률조정한 옵션가치 $150M만 base로 인정합니다. 과거 지분회수(Nimbus $147M)가 이 옵션이 0은 아님을 증명하지만, 반복 실현은 불규칙합니다.

왜 헤드라인을 자본화하면 안 되는가

타이밍에 배수를 곱하면 일시적 인식을 영구가치로 오인합니다. 파이프라인 매출은 소프트웨어 매출과 근본적으로 다릅니다. 마일스톤·선불금 인식이라 특정 분기에 몰렸다 빠졌다 합니다(재무 장: Drug Discovery 매출 YoY가 반 토막에서 두 배로 널뜀). 그래서 이 레이어만은 매출 배수가 아니라 확률조정 옵션가치로 봅니다. 옵션가치는 세 원천을 확률조정해 합산합니다. 협업 딜, 지분회수, 자체 임상입니다.

원천 a) 협업 딜: 헤드라인은 크나 근시일 저조

파트너업프론트최대 마일스톤(biobuck)업프론트/biobuck 비율단계
BMS (2020)$55M$2.7B2%Discovery
Novartis (2024)$150M$2.3B6.6%Discovery
Eli Lilly (2022)미공개$425M미공개Ph1~Discovery

협업 딜 3건. 헤드라인 biobuck은 크나 대부분 조건부 마일스톤.

출처: 각 협업 보도자료

노바티스 biobuck $2.3B는 개발·규제 마일스톤 $892M와 상업 마일스톤 $1.4B로 나뉩니다. 이 중 상업 마일스톤은 약이 실제로 승인·판매되어야 받는 돈이라 깊은 외가격(OTM) 옵션입니다. Discovery 단계에서 상업화까지 이르는 확률은 통상 한 자릿수 퍼센트대라, 헤드라인의 대부분은 확률조정하면 크게 깎입니다.

다만 딜의 질은 개선되고 있습니다. 업프론트/biobuck 비율은 협상력의 대리지표입니다. BMS(2020) 2%에서 노바티스(2024) 6.6%로 올랐다는 것은, 슈뢰딩거가 미래의 조건부 마일스톤보다 지금 확정 현금을 더 많이 받아내는 쪽으로 협상력이 커졌다는 뜻입니다. 그래도 절대 수준은 여전히 낮아(대부분이 조건부), 확률조정 후 base 기여는 소액에 그칩니다.

원천 b) 지분회수: 옵션이 0은 아니라는 증거, 그러나 불규칙

대상사이벤트수령/지분시점
NimbusTYK2→Takeda 인수$147M 수령2023 (실현)
MorphicLilly 인수$48M 수령2024 (실현)
AjaxLilly 최대 인수 pending지분 5.8%2026 (미실현)

지분회수 이력. 두 차례 실제 현금화가 옵션의 실물성을 증명하나 시점은 예측 불가.

출처: Nimbus·Morphic·Ajax 관련 공시

Nimbus에서 $147M, Morphic에서 $48M를 실제로 현금화한 이력은, 이 옵션이 이론이 아니라 실현된 적 있는 실물 가치임을 증명합니다. 그러나 이 실현은 인수라는 외부 이벤트에 달려 있어 시점을 예측할 수 없고 불규칙합니다. Ajax(5.8% 지분)는 아직 인수 완료 전이라 수령액이 미확정입니다. 따라서 미래의 반복 실현은 base에 크게 반영하지 않고, bull에서만 상방으로 벌립니다.

방어 · 실전 운영자 "Nimbus·Morphic 실현액이 각각 세 자릿수·두 자릿수인데, 왜 파이프라인 옵션 base를 고작 $150M로 잡나? 과소평가 아닌가"라는 실무 반론이 있을 수 있습니다. 답은 이렇습니다. 그 실현액은 이미 순현금(L4)에 흡수되어 회사 곳간에 들어왔습니다(과거 현금화 완료분). L2 옵션가치는 아직 실현되지 않은 미래 잠재분만 세는 것이라, 과거 실현을 중복 계상하면 이중 계산이 됩니다. 우리는 과거 실현을 순현금으로, 미래 잠재를 옵션가치로 분리해 이중 계산을 피합니다.

원천 c) 자체 임상: 초기 신호, 아직 값을 매기기 이르다

프로그램표적현황판독
SGR-1505MALT1 억제제Phase 1 전체 ORR 22% (45명), WM 코호트 5/5, FDA Fast Track·희귀약 지정가장 앞선 자체 자산이나 아직 Phase 1
SGR-3515Wee1/Myt1 이중 억제제Phase 1 100mg+ 코호트 질병통제율(DCR) 65%안정병변(SD) 포함한 약한 초기 신호
SGR-2921CDC7 억제제2025-08 개발 중단AML Phase 1 환자 사망 2건

자체 임상 3종. 초기 신호와 안전성 리스크가 공존.

출처: Schrödinger 실적발표·EHA

자체 임상은 성공 시 가치가 크지만 Phase 1 초기이고, 최근 한 개 프로그램이 안전성 문제로 중단됐다는 사실이 이 레이어의 리스크를 보여줍니다. base에는 SGR-1505의 초기 신호 일부만 반영하고, 임상 성공의 본격 상방은 bull에 몰아둡니다.

파이프라인 옵션가치 종합

시나리오옵션가치어떤 세계인가
Bear$25M자체 임상 추가 실패(R1/R2 관문 붕괴), 잔존 협업 residual만
Base$150M대부분 Discovery라 근시일 저조 + SGR-1505 Ph1 신호 일부 + 딜 확률조정분
Bull$500MSGR-1505 WM Phase 2 성공 + 협업 마일스톤 실현 + 지분회수 반복(Nimbus·Morphic형)

시나리오별 확률조정 옵션가치. base는 보수적으로 낮게, 상방은 bull에 집결.

방어 · 전제 공유 혁신가 "파이프라인에 값을 매기는 접근 자체는 공유하지만, base $150M는 정성 추정 아니냐, 왜 정밀 rNPV(위험조정 순현재가치)로 프로그램마다 계산하지 않나"라는 반론이 가능합니다. 우리 방법론은 여기서 의도적으로 정밀 수학을 쓰지 않습니다. 초기 Discovery 파이프라인의 rNPV는 성공확률·피크매출·할인율 어느 입력도 검증 불가능한 가정이라, 정밀 계산은 정밀해 보이는 허구를 낳습니다. 대신 우리는 넓은 시나리오 밴드($25M~$500M)로 불확실성을 흡수하고, base는 "대부분 값이 없고 소수 신호만 살아 있다"는 보수 판단으로 낮게 잡습니다. 정밀함은 소수점이 아니라 이 판단의 방향에 있습니다.

파이프라인 헤드라인(노바티스 $2.3B 등)은 크나 대부분 초기 Discovery라 확률조정하면 크게 깎입니다. 과거 실현(Nimbus $147M)이 옵션의 실물성을 증명하지만 불규칙합니다. base 옵션가치는 $150M로 보수 산정하고, 상방은 bull($500M)에 둡니다.

L3 지분 + L4 순현금: 곳간은 얼마인가

나머지 두 조각은 이미 값이 매겨져 있어 그대로 더합니다. 공동창업사 지분은 공정가치가 출렁이므로(FY2025 $74M → Q1 2026 $40M로 마크 하락), 두 시점 사이에 실현 프리미엄을 얹어 base $50M로 봅니다. 순현금은 금융차입이 0이라 전액이 순유동성으로 $292M입니다.

L3 공동창업사 지분

슈뢰딩거는 자기가 발굴에 참여한 신약회사들의 지분을 들고 있습니다. 이 지분의 공정가치는 상장·비상장 시가에 따라 크게 변동합니다.

시점지분 공정가치
FY2025 (12/31)$74M
Q1 2026 (3/31)$40M

지분 공정가치는 분기 만에 마크 하락. 변동이 커 어느 한 시점을 그대로 쓰지 않는다.

출처: StockAnalysis · Schrödinger 실적발표

FY2025 말 $74M에서 Q1 2026 $40M으로 분기 만에 마크가 내렸습니다. 변동이 크므로 어느 한 시점을 그대로 쓰지 않습니다. 두 시점 사이에, 과거 지분회수가 장부가보다 프리미엄에 실현됐던 이력(Nimbus·Morphic)을 감안해 base $50M로 놓습니다. bear는 Q1 마크다운 수준($40M), bull은 FY2025 공정가치에 Ajax 실현 상방을 더한 수준($74M)입니다.

이 지분의 평가손익이 곧 재무 장이 지적한 "GAAP 순이익을 출렁이게 하는" 기타수익($65M)의 정체입니다. 손익계산서에서는 착시를 일으키지만, 밸류에이션에서는 명확히 분리된 하나의 자산 레이어로 다룹니다.

L4 순현금

구성
현금 및 현금성자산 (Q1 2026)$260M
단기투자 (Q1 2026)$139M
리스부채(금융차입 아님)$107M
순현금$292M

순현금 = 현금 + 단기투자 - 리스부채. 금융차입 0.

출처: Schrödinger 실적발표

슈뢰딩거의 "총부채"는 크게 잡히지만 전통 금융차입은 0이고 전액 리스부채입니다. 그래서 순현금은 현금·단기투자에서 리스부채만 뺀 $292M이고, 이는 시가총액과 EV의 갭($1.3B - $969M)과 정확히 정합합니다. 이 순현금은 SOTP에서 액면 그대로 더합니다.

활주로: 순현금은 손실을 얼마나 덮는가

순현금 $292M은 분기 영업손실($-49M)의 약 6배로, 회계상 영업손실 기준 최소 1.5년치, 비현금 SBC를 걷어낸 정상화 번레이트 기준으로는 앞서 재무 장에서 어림한 2년 안팎의 활주로를 뒷받침합니다. 재무 장이 이 밸류에이션 장으로 넘긴 두 질문(정량 활주로와 유기적 흑자 시점)에 여기서 정성으로 답합니다. 활주로는 이렇게 확보돼 있으나 유기적 흑자 시점은 다른 이야기입니다. 컨센서스상 유기적 흑자 전환은 향후 3년 내에도 가시권 밖으로, 앞서 본 매출 컨센서스 구간(FY2028E)까지도 적자가 이어질 전망입니다. 정리하면 활주로는 충분하나 흑자 시점은 멉니다. FY2025 현금흐름이 흑자($13M, FCF 마진 4.9%)로 돌아선 것도 노바티스 대형 선불금의 일회성 효과이지 유기적 전환이 아닙니다(재무 장 결론).

순현금이 넉넉해 당장의 증자 압박은 없으나 무한하지도 않습니다. 회사가 FY2026부터 임상을 축소해 R&D를 $10M~$15M 줄이겠다고 밝혀, 정상화 번레이트는 과거보다 낮아집니다. 이 활주로 소진이 뒤 모니터링 가정의 감시 항목입니다.

지분 레이어는 공정가치 변동을 감안해 base $50M(bear $40M~bull $74M), 순현금은 금융차입 0이라 액면 $292M을 그대로 더합니다. 순현금은 손실을 여러 분기 덮되 무한하지 않습니다.

적정가는 얼마인가

네 조각을 더하면 base 주주가치 $1.5B, 주당 $20.01입니다. bear $13.01, bull $32.90, 확률가중 $21.13로 상승여력 +25.2%입니다. 여기서 이 회사의 크럭스가 확정됩니다. 시장 기업가치($969M)가 우리 소프트웨어 값 하나($1B)와 거의 같습니다.

SOTP 합산

레이어BearBaseBull
L1 소프트웨어 EV$615M$1B$1.6B
L2 파이프라인 옵션$25M$150M$500M
L3 지분$40M$50M$74M
L4 순현금$292M$292M$292M
주주가치$972M$1.5B$2.5B

SOTP 4레이어 합산 = 주주가치. L1+L2+L3+L4.

base 주주가치는 $1B + $150M + $50M + $292M = $1.5B입니다.

주주가치 → 적정가

시나리오주주가치÷ 발행주식수적정가/주
Bear$972M74.7M주$13.01
Base$1.5B74.7M주$20.01
Bull$2.5B74.7M주$32.90

주주가치를 발행주식수로 나눈 주당 적정가.

확률가중 적정가는 각 시나리오 확률(base 45%, bull 25%, bear 30%)을 곱해 합한 $21.13이며, 현재가 대비 상승여력은 +25.2%입니다.

분모 주의(희석 시 하방): 위 나눗셈은 발행주식수 74.7M주(기본)를 분모로 씁니다. 미행사 옵션·RSU와 지속되는 SBC(FY2025 SBC/매출 16.8%)를 반영한 완전희석 주식수는 이보다 많아지므로, 완전희석 기준 적정가는 위 값보다 소폭 낮아집니다(모든 시나리오 공통 하방 요인).

크럭스: 시장은 소프트웨어값에 맞춰 매겼다

이 회사 밸류에이션에서 가장 중요한 한 줄입니다.

구분의미
시장 기업가치(EV)$969M시장이 매긴 회사 전체
우리 base 소프트웨어 사업가치(L1)$1B곡괭이 사업가치 하나
관계거의 동일 (우리 값이 EV를 소폭 상회)이 회사 밸류에이션의 크럭스

시장 EV ≈ 우리 소프트웨어값. 시장은 기업가치 대부분을 소프트웨어 하나로 설명한다.

우리 base 소프트웨어값이 시장 EV와 거의 같은 크기이며, 정확히는 우리 값이 시장 EV를 오히려 소폭 웃돕니다. 즉 시장은 슈뢰딩거의 기업가치를 소프트웨어 사업 하나로 거의 설명하고 있습니다. 다만 여기서 "시장이 파이프라인을 정확히 0으로 값매긴다"고 단정할 수는 없습니다. 시장이 소프트웨어·파이프라인·지분에 각각 얼마를 배분했는지는 관측되지 않기 때문입니다(배분은 indeterminate, 즉 관측 불가). 검증 가능한 것은 배수뿐입니다. 시장의 내재 배수는, 영업EV(EV에서 비영업 지분을 뺀 값)를 forward ACV로 나누면 우리 base 배수(4.5배)를 다소 밑돕니다. 즉 시장은 소프트웨어를 우리보다 약간 낮은 배수로 값매기고 있으며, 우리 상승여력은 (a) 소프트웨어에 시장보다 조금 높은 배수를 적용한 몫과 (b) 파이프라인·지분을 명시적으로 가산한 몫에서 나옵니다.

방어 · 기존 권위자 "시장이 파이프라인을 0에 가깝게 평가하는 게 합리적일 수 있다(대부분 초기 Discovery, 한 프로그램은 사망으로 중단)"는 정면 반론이 가능합니다. 이 반론에 우리는 부분적으로 동의합니다. 그래서 base 옵션가치를 헤드라인의 극히 일부인 $150M로 낮게 잡았고, bear에서는 $25M까지 깎습니다. 그러나 완전한 0은 과도합니다. 과거 두 차례 실제 현금 실현(Nimbus·Morphic)과 살아 있는 자체 신호(SGR-1505 Fast Track)가 옵션이 0이 아님을 보여주기 때문입니다. 우리 주장은 "파이프라인이 잭팟"이 아니라 "0과 잭팟 사이의 보수적 양수"이며, 그것만으로도 현재가는 base 적정가를 밑돕니다.

증권사와의 대조 (교차검증)

우리 base 적정가 $20.01는 주류 애널리스트 평균 목표가 $20.25와 거의 일치합니다. 방법(SOTP)은 달라도 결론이 수렴한다는 것이 상호 검증입니다.

구분우리(SOTP)증권사(주류)
base / 평균 목표가$20.01$20.25
밴드$13.01~$32.90$13.00~$25.00
내재 시가총액(평균)$1.5B$1.5B
내재 EV(평균)$1.2B$1.2B
내재 EV/Sales5배(소프트웨어 함의)4.8배(연결)
내재 EV/ACV4.55.5
커버·불확실성3개 시나리오9명 커버, 목표가 스프레드 1.9

우리 SOTP vs 증권사. 방법은 달라도 base ≈ 평균 목표가로 수렴.

출처: MarketBeat · StockAnalysis Forecast

EV/Sales 두 축 주의(같은 배수라도 분모가 다름): 우리 셀의 소프트웨어 EV/Sales(5배)는 소프트웨어 단독 사업가치를 소프트웨어 매출로 나눈 값이라, 생명과학 SaaS 피어 평균(4.8배)과 같은 축에서 비교됩니다. 우리가 피어 평균을 소폭 웃도는 것은 소프트웨어 고마진(GM 74%)에 준 프리미엄만큼입니다. 반면 애널리스트 내재 EV/Sales(4.8배)는 파이프라인·지분을 포함한 연결 매출 기준이라 소프트웨어 단독 배수와는 다른 축입니다. 두 값의 절대 크기를 직접 우열로 읽지 않습니다.

애널리스트 목표가 내재 EV/ACV(5.5배)는 우리 base 소프트웨어 배수(4.5배)보다 소폭 높습니다. 그 차이가 바로 애널리스트가 소프트웨어 위에 얹은 파이프라인·지분의 값이며, 우리 SOTP가 명시적으로 분리한 것을 그들은 배수 안에 묻어 둔 것입니다. 결론(평균 목표가 ≈ 우리 base)이 일치하는 것은, 두 접근이 서로 다른 길로 같은 곳에 도착했다는 뜻입니다. 투자의견 분포는 Buy 4명, Hold 4명, Sell 1명으로 갈려, 이 종목이 컨센서스가 아니라 논쟁 중임을 보여줍니다.

시장은 FY2026 매출을 $235M(YoY -8.3%, Hosted 전환 일시 하락)로 보고, FY2027 $270M·FY2028 $327M로 회복을 전망합니다(FY2027~28은 단일 집계기관 저신뢰). 우리 SOTP는 이 회계 매출 궤적이 아니라 ACV(계약가치)에 배수를 매기므로, Hosted 전환의 회계 착시에 흔들리지 않습니다.

시나리오 종합: 세 세계와 그 적정가

손실 기업이라 EPS×P/E 구동이 불가하므로, 적정가 분포를 몬테카를로로 돌리는 대신 세 시나리오를 정적으로 제시합니다. 밴드의 정본은 아래 세 세계이며, 각 세계는 SOTP 3대 입력(EV/ACV 배수·forward ACV·파이프라인 옵션)이 함께 어느 방향으로 가느냐로 갈립니다.

Bear
$13
확률 30%
성장 정체·AI 국지잠식·자체임상 실패. EV/ACV 3.0배 + ACV $205M + 옵션 $25M + 지분 $40M
Base
$20
확률 45%
가이던스 중간 ACV·EV/ACV 4.5배 + ACV $223M + 옵션 $150M + 지분 $50M
Bull
$32.9
확률 25%
ACV 재가속·EV/ACV 6.5배 + ACV $245M + 파이프라인 실현 $500M + 지분 $74M

세 세계의 적정가 밴드($13.01~$32.90)와 애널리스트 목표가 스프레드(1.9배)가 워낙 넓어, 확률가중 상승여력 +25.2%는 이 폭 안에 들어가는 크기입니다. 고신뢰 미스프라이싱이 아니라 노이즈 폭 안의 완만한 저평가 편향으로 읽어야 합니다.

우리는 이렇게 판단합니다

곡괭이값만 받은 회사. 배수 하나가 전부를 가른다.
Bear 적정가 (확률 30%)
$13.01
성장 정체·AI 잠식·임상 실패
Base 적정가 (확률 45%)
$20.01
가이던스 중간 · EV/ACV 4.5배
Bull 적정가 (확률 25%)
$32.90
ACV 재가속 · 파이프라인 실현

판정은 완만한 저평가 편향이되 불확실성이 큽니다. 확률가중 적정가 $21.13(상승여력 +25.2%)는 방향으로는 저평가를 가리키지만, 시나리오 밴드와 애널리스트 목표가 스프레드(1.9배)가 워낙 넓어 고신뢰 미스프라이싱이 아니라 노이즈 폭 안의 완만한 저평가 편향입니다. 모든 시간축(forward 12개월)에 적정가를 제시하되, 불확실성은 회피가 아니라 확률·밴드로 표현합니다.

구분기준근거
저평가 방향현재가가 base 적정가($20.01)를 밑돌면소프트웨어값에 파이프라인·지분을 더한 값에 못 미치는 구간. 확률가중 상승여력 +25.2%
고평가 방향현재가가 bull 적정가($32.90)에 근접하면파이프라인 성공과 ACV 재가속이 모두 선반영된 구간. 실패 시 하방
신규 검토ACV 재가속(+15% 복귀) 또는 SGR-1505 Phase 2 진입 확인 시base가 bull로 이동하는 트리거. 배수 재정착의 근거

투자 함의. '사세요/파세요'가 아니라 시나리오·트리거 기반 조건.

🟢 상향 트리거 (Base→Bull)

ACV 성장 +15% 재가속(가이던스 상단 초과)

SGR-1505 WM Phase 2 성공 신호

Ajax 지분 실현(Nimbus·Morphic형 현금화)

Hosted 전환 마무리 후 소프트웨어 마진 재정착

🔴 하향 트리거 (Base→Bear)

ACV 성장 한 자릿수 정체·NDR 100 아래로 하락

AI 신약설계(Isomorphic 등)의 국지 잠식 가시화

자체 임상 추가 중단

순현금 소진 가속에 따른 증자·희석

시나리오기준조건적정가
Bullforward 12MACV 재가속(+15%) + 배수 6.5배 + 파이프라인 실현 $500M + 지분 $74M$32.90
Baseforward 12M가이던스 중간 ACV $223M + 배수 4.5배 + 옵션 $150M + 지분 $50M$20.01
Bearforward 12M성장 정체·AI 잠식·임상 실패, 배수 3배 + 옵션 $25M + 지분 $40M$13.01
확률가중forward 12M45% / 25% / 30% 가중$21.13

시나리오별 적정가. 모든 시간축·시나리오에 적정가 숫자를 제시(불확실은 밴드로).

확률 배분(base 45%, bull 25%, bear 30%)에서 bear를 bull보다 높게 둔 이유는, 성장 둔화와 AI 잠식이라는 크럭스 리스크가 실재하기 때문입니다. 낙관보다 비관에 더 무게를 실은 보수적 배분입니다.

한계(comonotonic 가정): bull 확률 25%는 세 상방 요인(ACV 재가속·소프트웨어 배수 프리미엄·파이프라인 실현)이 함께 움직인다고 본 값입니다. 이 요인들을 서로 독립으로 결합하면 세 사건이 동시에 성립할 결합확률은 이보다 낮아지므로, bull 확률은 상한 성격입니다. 우리는 이를 정밀 재산정하지 않고 명시적 한계로 남깁니다(불확실성은 점추정 정밀화가 아니라 넓은 밴드로 흡수).

모니터링 가정

발행 후 가정 모니터링의 입력입니다. 매일 전량 리서치하고, 변동 시 즉시 기록합니다.

#가정우리 값검증 소스틀리면
1forward ACV$223M (가이던스 중간 $223M)분기 실적발표 ACV하단 $205M 근접 시 L1·적정가 하향
2소프트웨어 EV/ACV 배수4.5피어 EV/Sales·SaaS 밴드 갱신피어 배수 급락 시 base 배수 재검토
3ACV 성장률+4%에서 회복 여부분기 ACV YoY한 자릿수 정체 지속 시 bear 배수로 이동
4NDR(순확장)100% 유지연간 NDR 공시100 아래 하락 시 이탈 신호, 배수 하향
5파이프라인 옵션$150M자체 임상 데이터·협업 마일스톤·지분회수SGR-1505 실패 시 $25M, 성공 시 상방
6지분 공정가치$50M분기 equity holdings 마크·Ajax 실현마크 급락 시 $40M
7순현금·활주로$292M분기 현금·번레이트소진 가속 시 증자·희석 리스크
8Hosted 전환Q1 2026 34% → 2028 목표 75%분기 Hosted 비중전환 지연·마진 미회복 시 배수 하향

8개 모니터링 가정. 검증 소스는 분기 실적발표·컨센서스·NDR 공시·피어 배수.

base 적정가 $20.01(bear $13.01~bull $32.90, 확률가중 $21.13, 상승여력 +25.2%). 네 조각(소프트웨어·파이프라인·지분·순현금)을 각자의 잣대로 값매겨 더한 결과이며, 우리 base는 애널리스트 평균 목표가($20.25)와 겹쳐 교차검증됩니다.

결론

슈뢰딩거는 순손실 기업이라 P/E가 아닌 SOTP로 값을 쌓습니다. 소프트웨어 사업가치($1B), 파이프라인 옵션($150M), 지분($50M), 순현금($292M)을 더한 주주가치 $1.5B, 주당 base 적정가 $20.01입니다. 시장은 지금 기업가치 대부분을 소프트웨어 하나로 설명하고 있어, 소프트웨어를 시장보다 조금 높게 보고 파이프라인·지분을 명시로 더하면 확률가중 기준 상승여력 +25.2%이 열립니다. 다만 모든 것을 가르는 것은 단 하나의 배수, EV/ACV 4.5배가 유지되느냐입니다.

현재가가 base 적정가를 밑돌면 소프트웨어값에 파이프라인·지분을 더한 값에 못 미치는 저평가 방향, bull 적정가($32.90)에 근접하면 성공이 선반영된 고평가 방향입니다. 판정의 축은 성장 둔화가 배수를 저성장 밴드(3배)로 끌어내리느냐, 아니면 마진과 유지율이 프리미엄 배수(6.5배)를 지켜내느냐입니다.

슈뢰딩거 밸류에이션 요약

방법은 손실 기업이라 P/E가 불가능해 SOTP 4레이어(소프트웨어 EV + 파이프라인 옵션 + 지분 + 순현금)를 씁니다. 소프트웨어 EV는 forward ACV $223M × EV/ACV 4.5배 = $1B입니다. 적정가는 base $20.01, bear $13.01, bull $32.90, 확률가중 $21.13(상승여력 +25.2%)입니다. 크럭스는 시장 EV($969M)가 소프트웨어값($1B) 하나와 거의 같고 배분은 관측 불가(indeterminate)라는 것입니다. 교차검증으로 우리 base는 애널리스트 평균 목표가 $20.25와 겹치며, 판정의 축은 EV/ACV 4.5배가 저성장 밴드로 내려가느냐 프리미엄으로 지켜지느냐입니다.

📋갱신 이력AI 모니터링
2026-07-04최초 발행
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